Beide sind Anfänger, also weisen Sie bitte auf Teile hin, die keinen Sinn ergeben. Ich werde in zwei Tagen im Tempo eines Verses übersetzen. Englischer Text ist ebenfalls enthalten, um das Auffinden von Fehlern zu erleichtern. Nachdem ich ein Kapitel beendet habe, werde ich es in einem Artikel zusammenfassen.
Chapter 4 Sequence annotation objects Chapter 3 introduced the sequence classes. ** chp3 führte die Sequenzklasse ein. ** ** **
Immediately “above” the Seq class is the Sequence Record or SeqRecord class, defined in the Bio.SeqRecord module. ** Direkt über der Seq-Klasse (bedeutet Vererbung?) Wird im Sequence Record- oder SeqRecord-Klasse-Bio.SeqRecord-Modul definiert. ** ** **
This class allows higher level features such as identifiers and features (as SeqFeature objects) to be associated with the sequence, and is used throughout the sequence input/output interface Bio.SeqIO described fully in Chapter 5. ** Diese Klasse verbindet übergeordnete Features wie Bezeichner und Features (SeqFeature-Objekte) mit Sequenzen und wird häufig in der in Kapitel 5 vorgestellten Sequenz-Eingabe- / Ausgabeschnittstelle Bio.SeqIO verwendet. ** ** **
Wenn Sie nur mit einfachen Daten wie FASTA-Dateien arbeiten, können Sie dieses Kapitel wahrscheinlich (wahrscheinlich) vorerst überspringen. ** Wenn Sie nur mit einfachen Daten wie FASTA arbeiten, können Sie dieses Kapitel wahrscheinlich überspringen. ** ** **
While this chapter should cover most things to do with the SeqRecord and SeqFeature objects in this chapter, you may also want to read the SeqRecord wiki page (http://biopython.org/wiki/SeqRecord), and the built in documentation (also online – SeqRecord and SeqFeature): ** Dieses Kapitel muss viel mit SeqRecord- und SeqFeature-Objekten zu tun haben. Möglicherweise möchten Sie auch auf die SeqRecord-Wiki-Seite und die Funktionsdokumentation verweisen. ** ** **
>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> help(SeqRecord)
4.1 The SeqRecord object
The SeqRecord (Sequence Record) class is defined in the Bio.SeqRecord module. ** Die SeqRecord-Klasse (Sequence Record) wird im Bio.SeqRecord-Modul definiert. ** ** **
This class allows higher level features such as identifiers and features to be associated with a sequence (see Chapter 3), and is the basic data type for the Bio.SeqIO sequence input/output interface (see Chapter 5). ** Diese Klasse bietet die Möglichkeit, Sequenzen mit zahlreichen Funktionen und Modifikatoren zu versehen. Und es werden die Basisdaten der Bio.SeqIO-Sequenz-Ein- / Ausgabeschnittstelle (siehe Kapitel 5) **
The SeqRecord class itself is quite simple, and offers the following information as attributes: ** Die SeqRecord-Klasse selbst ist sehr einfach und verwendet die folgenden Informationen als Attribute. ** ** **
.seq – The sequence itself, typically a Seq object. .id – The primary ID used to identify the sequence – a string. In most cases this is something like an accession number. .name – A “common” name/id for the sequence – a string. In some cases this will be the same as the accession number, but it could also be a clone name. I think of this as being analogous to the LOCUS id in a GenBank record. .description – A human readable description or expressive name for the sequence – a string. .letter_annotations – Holds per-letter-annotations using a (restricted) dictionary of additional information about the letters in the sequence. The keys are the name of the information, and the information is contained in the value as a Python sequence (i.e. a list, tuple or string) with the same length as the sequence itself. This is often used for quality scores (e.g. Section 20.1.6) or secondary structure information (e.g. from Stockholm/PFAM alignment files). .annotations – A dictionary of additional information about the sequence. The keys are the name of the information, and the information is contained in the value. This allows the addition of more “unstructured” information to the sequence. .features – A list of SeqFeature objects with more structured information about the features on a sequence (e.g. position of genes on a genome, or domains on a protein sequence). The structure of sequence features is described below in Section 4.3. .dbxrefs - A list of database cross-references as strings.
**.seq
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