4.9 Reverse-complementing SeqRecord objects Bis 4.8
One of the new features in Biopython 1.57 was the SeqRecord object’s reverse_complement method. This tries to balance easy of use with worries about what to do with the annotation in the reverse complemented record. ** Neue Methode reverse_complement zu Biopython 1.57 hinzugefügt. Dies dient dazu, die Anmerkung nach dem Umdrehen und Vervollständigen des Arrays einfacher zu ändern. ** ** **
For the sequence, this uses the Seq object’s reverse complement method. Any features are transferred with the location and strand recalculated. Likewise any per-letter-annotation is also copied but reversed (which makes sense for typical examples like quality scores). However, transfer of most annotation is problematical. ** Verwenden Sie die Methode reverse_complement für das Array. Die Features werden nach Standort konvertiert und die Stränge neu berechnet. In ähnlicher Weise wird die Annotation pro Buchstabe kopiert und invertiert. (Besonders effektiv für den Qualitätsfaktor) Bei vielen Anmerkungskonvertierungen treten jedoch Probleme auf. ** ** **
For instance, if the record ID was an accession, that accession should not really apply to the reverse complemented sequence, and transferring the identifier by default could easily cause subtle data corruption in downstream analysis. Therefore by default, the SeqRecord’s id, name, description, annotations and database cross references are all not transferred by default. ** Wenn es sich bei der Datensatz-ID beispielsweise um einen Zugang (Registrierungsnummer) handelt, sollte dieser Zugang nicht für invertierte, komplementierte Sequenzen verwendet werden, und das Konvertieren von Bezeichnern kann standardmäßig Datenschäden während der nachgeschalteten Prozessanalyse verursachen. Nicht. Daher werden die ID, der Name, die Beschreibung, die Anmerkungen und die Datenbankquerverweise von SeqRecord standardmäßig nicht konvertiert. ** ** **
The SeqRecord object’s reverse_complement method takes a number of optional arguments corresponding to properties of the record. Setting these arguments to True means copy the old values, while False means drop the old values and use the default value. You can alternatively provide the new desired value instead. ** Die Methode reverse_complement verfügt über mehrere optionale Argumente, die dem Datensatzattribut entsprechen. Wenn Sie sie als True angeben, werden die ursprünglichen Werte kopiert. Bei False wird der Standardwert durch den alten Wert ersetzt. Natürlich können Sie den neuen Wert selbst festlegen. ** ** **
Consider this example record: ** Einfaches Beispiel: **
>>> from Bio import SeqIO
>>> record = SeqIO.read("NC_005816.gb", "genbank")
>>> print("%s %i %i %i %i" % (record.id, len(record), len(record.features), len(record.dbxrefs), len(record.annotations)))
NC_005816.1 9609 41 1 13
Here we take the reverse complement and specify a new identifier – but notice how most of the annotation is dropped (but not the features): ** Verwenden Sie die Methode reverse_complement, um eine neue ID anzugeben. Insbesondere habe ich viele Anmerkungen verloren, aber die Funktionen sind noch vorhanden. ** ** **
>>> rc = record.reverse_complement(id="TESTING")
>>> print("%s %i %i %i %i" % (rc.id, len(rc), len(rc.features), len(rc.dbxrefs), len(rc.annotations)))
TESTING 9609 41 0 0
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