Verwenden Sie CASA Toolkit in Ihrer eigenen Python-Umgebung

Überblick

CASA (Common Astronomy Software Application) und sein zentrales CASA Toolkit sind sehr nützlich für Datenanalysen wie ALMA, aber für die Verwendung von "casapy" (eigentlich eine von "casapy.py" generierte IPython-Shell). ) Muss ausgeführt werden. Aus diesem Grund kann es nicht in einer eigenen Python-Umgebung ausgeführt werden, und es ist schwierig, eine interaktive und hoch reproduzierbare Analyse durchzuführen, beispielsweise mit Jupyter-Notebook (IPython-Notebook). Kopieren wir also das CASA Toolkit unter Mac OSX und stellen es als Modul in Ihrer eigenen Python-Umgebung zur Verfügung [^ linux].

[^ linux]: Diese Methode wurde vom Autor als Mac OS X-Version unter Bezugnahme auf [hier] erstellt (https://newton.cx/~peter/2014/02/casa-in-python-without-casapy/). Ding. Es ist keine offiziell unterstützte Methode.

Wie kopiere ich?

Das CASA Toolkit wurde als Modul namens "casac" in "casapy" importiert. Kopieren Sie daher die entsprechenden Skripte ("* .py") und gemeinsam genutzten Bibliotheken ("* .so", "* .dylib"). Dies reicht jedoch nicht aus, und Sie müssen den Pfad der gemeinsam genutzten Python-Bibliothek, die von jeder gemeinsam genutzten Bibliothek verwendet wird, in den Pfad Ihrer eigenen Python-Umgebung ändern. Fügen Sie PYTHONPATH und CASAPATH hinzu, damit Python die zuletzt kopierte casac.py lesen kann.

Die Reihe von Arbeiten ... sollte durch Ausführen des folgenden Shell-Skripts [^ cltools] [^ pyver] [^ casaver] [^ dependencies] abgeschlossen werden. Passen Sie vor der Ausführung den CASA-Pfad ("casaapp"), den Zielpfad ("output") und das Exportziel "* PATH" ("profile") an Ihre eigene Umgebung an. Stellen Sie sicher, dass Sie vor dem Ausführen ein Backup erstellen!

$ ./extract_casatk_osx.sh

[^ cltools]: Zum Ausführen des Skripts sind Xcode-Befehlszeilentools erforderlich. [^ pyver]: Wenn Sie mehrere Python-Umgebungen wie "pyenv" haben, wählen Sie vor dem Ausführen Python 2.7.x aus. Dies entspricht der Python-Version in CASA. [^ casaver]: Das Skript wurde gemäß der CASA-Verzeichnisstruktur der Mac OS X-Version geschrieben, sodass es unter der Linux-Version nicht ordnungsgemäß funktioniert. Darüber hinaus haben wir den Vorgang nur mit CASA 4.5.0 bestätigt. [^ Abhängigkeiten]: Einige Tools hängen von den Daten in CASA ab (casa-data) und funktionieren nicht, wenn Sie die Quell-CASA deinstallieren oder verschieben (z. B. ia). Für diese ist CASAPATH eingestellt.

Modulimport

Jetzt müssen Sie nur noch Python ausführen und den casac importieren. Zum Beispiel kann das bildbezogene CASA-Tool (ia) verwendet werden, indem Folgendes angegeben wird!

$ python # or ipython, jupyter notebook

>>> import casac
>>> ia = casac.casac.image()
>>> ia.open('casaimage.image')
True

Schließlich

Wenn Sie nur eine Bibliothek eines Drittanbieters in CASA einfügen möchten, können Sie auch casa-pip casa-pip verwenden.

Shell-Skript

extract_casatk_osx.sh

casaapp=/Applications/CASA.app # customize this!
outputdir=${HOME}/Documents    # customize this!
profile=~/.bash_profile        # customize this!

echo "CASA directory:  " ${casaapp}
echo "Output directory:" ${outputdir}
echo -n "Press any key to continue >"
read INPUT

echo "Step 1: creating casatk directory"
casart=${casaapp}/Contents
casatk=${outputdir}/casatk
mkdir -p ${casatk}/Frameworks
mkdir -p ${casatk}/Resources/python/__casac__

echo "Step 2: copying libraries and Python scripts from CASA app"
echo "        this may take a while ..."
cp -a ${casart}/Frameworks/lib ${casatk}/Frameworks
cp -a ${casart}/Frameworks/*.jar ${casatk}/Frameworks
cp -a ${casart}/Frameworks/*.dylib ${casatk}/Frameworks
cp -a ${casart}/Frameworks/Qt*.framework ${casatk}/Frameworks
cp -a ${casart}/Resources/python/casac.py ${casatk}/Resources/python
cp -a ${casart}/Resources/python/__casac__/*.so ${casatk}/Resources/python/__casac__
cp -a ${casart}/Resources/python/__casac__/*.py ${casatk}/Resources/python/__casac__

echo "Step 3: changing Python-framework's path of libraries"
libpy_so=@loader_path/../../../Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Python
libpy_dylib=@loader_path/lib/Python.framework/Versions/2.7/Python
libpy_user=`python -c "import glob; from distutils import sysconfig;
print(glob.glob(sysconfig.get_config_var('LIBDIR')+'/libpython*')[0])"`

for f in ${casatk}/Resources/python/__casac__/*.so ; do
    install_name_tool -change ${libpy_so} ${libpy_user} ${f}
done

for f in ${casatk}/Frameworks/*.dylib ; do
    install_name_tool -change ${libpy_dylib} ${libpy_user} ${f}
done

echo "Step 4: exporting PYTHONPATH and CASAPATH to profile"
casapath="${casart} darwin socorro-\$(uname -p) \$(hostname -s)"
pythonpath="${casatk}/Resources/python"
echo "export CASAPATH=\"${casapath}\"" >> ${profile}
echo "export PYTHONPATH=\$PYTHONPATH:${pythonpath}" >> ${profile}

echo "Done!"