[PYTHON] Comment utiliser Bio.Phylo

Talevich, Eric, et al. "Bio. Phylo: une boîte à outils unifiée pour le traitement, l'analyse et la visualisation des arbres phylogénétiques en Biopython." BMC bioinformatics 13.1 (2012): 1. Prendre note.

Qu'est-ce que Biopython

Une bibliothèque Python développée pour la bioinformatique. L'utilisation est expliquée dans Tutoriel et livre de recettes Biopython.

pip install biopython

Bio.Phylo

Bio.Phylo peut créer un arbre phylogénétique.

Bien que urllib2 soit utilisé dans l'article, urlopen est intégré à urllib en python3.

# coding: utf-8

from Bio import Phylo
from urllib.request import urlopen

handle = urlopen("http://www.phyloxml.org/examples/apaf.xml")

tree = Phylo.read(handle, "phyloxml")

handle.close()

Phylo.draw(tree)

# coding: utf-8

from Bio import Phylo
from urllib.request import urlopen

handle = urlopen("http://www.phyloxml.org/examples/apaf.xml")

tree = Phylo.read(handle, "phyloxml")

handle.close()

tree.root_at_midpoint()
tree.ladderize(reverse=True)

vertebrata = tree.common_ancestor("Apaf-1_HUMAN", "15_TETNG")

vertebrata.color = "fuchsia"
vertebrata.width = 3
tree.root.color = "gray"

Phylo.draw(tree)

Si draw_ascii () est utilisé à la place de draw (), l'arbre phylogénétique sera affiché sous forme d'art ASCII.

                                   _ 22_MOUSE
                                  |
                                 _| Apaf-1_HUMAN
                                | |
                               ,| | 12_CANFA
                               ||
                              _||___ 11_CHICK
                             | |
                             | |___________ 16_XENLA
                      _______|
                     |       |       , 14_FUGRU
                     |       |     __|
                     |       |____|  |__ 15_TETNG
                _____|            |
               |     |            |____ 17_BRARE
               |     |
               |     |    ______ 1_BRAFL
               |     | __|
         ______|     ||  |_________ 18_NEMVE
        |      |      |
        |      |      |____________ 23_STRPU
        |      |
       _|      |          _________ 26_STRPU
      | |      |_________|
      | |                |________ 25_STRPU
      | |
      | |                                    ___ CED4_CAEEL
      | |___________________________________|
  ____|                                     |_ 31_CAEBR
 |    |
 |    |                                ___ 28_DROPS
 |    |          _____________________|
 |    |   ______|                     |____ Dark_DROME
 |    |  |      |
 |    |__|      |_______________________ 29_AEDAE
 |       |
 |       |__________________________ 30_TRICA
 |
 |                                                           _ 34_BRAFL
 |                                 _________________________|
_|                           _____|                         |_ 35_BRAFL
 |                          |     |
 |                        __|     |_______________ 8_BRAFL
 |                       |  |
 |                       |  |        ___________________ 20_NEMVE
 |         ______________|  |_______|
 |        |              |          |__________________________ 21_NEMVE
 |        |              |
 |     ___|              |______________________________ 9_BRAFL
 |    |   |
 |    |   |                _____________ 3_BRAFL
 |    |   |          _____|
 |    |   |_________|     |_________________ 2_BRAFL
 |____|             |
      |             |_______________ 19_NEMVE
      |
      |                                     _____ 37_BRAFL
      |            ________________________|
      |___________|                        |____ 36_BRAFL
                  |
                  |______________________ 33_BRAFL

Les références

Talevich, Eric, et al. "Bio. Phylo: a unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython." BMC bioinformatics 13.1 (2012): 1.