[PYTHON] Est-il facile de synthétiser un médicament sur le marché?

introduction

Par conséquent, un index utile appelé ** score SA ** qui peut être utilisé avec RDKit [^ 1].

Du résultat

--Moyenne: 3,5 --Média: 3.1

sascore_hist.png J'espère que cela sera utile lors de la réduction des composés candidats en utilisant le score SA comme guide.

Prétraitement

--2020-04-07 Médicaments actuellement fabriqués et vendus au Japon -D médicaments numérotés (2826 types, doublons) écrits en KEGG DRUG

Calcul

Cette fois, nous nous concentrerons sur les composés avec 2 atomes de carbone ou plus. En outre, les mélanges, les agents non médicinaux, les préparations sanguines, les médicaments anticorps, les médicaments bruts, etc. sont exclus car ils ne remplissent pas l'objectif. Le rétrécissement à ce stade est de 1641 composés. Étant donné que ceux classés en plusieurs effets médicinaux sont dupliqués, ils sont supprimés pour former 1436 composés. L'histogramme sera celui décrit ci-dessus.

mean std min 25% 50% 75% max
3.472627 1.262086 1.054917 2.547814 3.14387 4.190424 9.129873

Essayez de diviser par classification des effets médicinaux

La distribution globale se trouve ci-dessus. Il existe également des informations sur la classification de l'efficacité des médicaments, alors voyons s'il y a des différences. Ici, le calcul est basé sur le composé 1641 sans doublons supprimés.

Médicaments pour le système nerveux et les organes sensoriels

De plus, il est classé en médicaments pour le système nerveux central, médicaments pour le système nerveux périphérique, médicaments pour les organes sensoriels et autres. En tant que produits pharmaceutiques, la mémantine et le baclofène appartiennent.

count mean std min 25% 50% 75% max
401 3.074675 1.066451 1.407299 2.368182 2.79175 3.496406 8.224301

1_神経系及び感覚器官用医薬品.png

Médecine des organes individuels

En outre, il est classé dans la médecine des organes circulatoires, la médecine des organes respiratoires, la médecine des organes digestifs, la médecine hormonale, la médecine urogénitale et anale, la médecine dermatologique, la médecine dentaire et buccale, et autres. En tant que produits pharmaceutiques, l'olmésartane et l'ésoméprazole appartiennent.

count mean std min 25% 50% 75% max
567 3.436648 1.211883 1.176561 2.556412 3.073396 4.338626 9.129873

2_個々の器官系用医薬品.png

Médicament métabolique

De plus, il est classé en vitamines, toniques nourrissants, sang et liquides corporels, dialyse artificielle et autres. En tant que produits pharmaceutiques, le plusgrel et la canagliflozine appartiennent.

count mean std min 25% 50% 75% max
196 3.562633 1.263028 1.58004 2.774178 3.307104 4.199926 9.121023

3_代謝性医薬品.png

Médicaments pour la fonction des cellules tissulaires

En outre, il est classé dans les médicaments utilisant des cellules, les médicaments contre les tumeurs, les radiopharmaceutiques, les médicaments allergiques et autres. Des exemples de produits pharmaceutiques comprennent l'irinotécan et la cétilidine.

count mean std min 25% 50% 75% max
191 3.608295 1.438333 1.694618 2.641493 3.066941 4.15542 7.705978

4_組織細胞機能用医薬品.png

Médecine brute et médecine basée sur la prescription de la médecine chinoise

N'est pas applicable.

Médicaments pour les organismes pathogènes

Il est en outre classé en antibiotiques, agents chimiothérapeutiques, produits biologiques, médicaments antiparasitaires et autres. Des exemples de produits pharmaceutiques comprennent le laninamivir et la rifampicine.

count mean std min 25% 50% 75% max
201 4.159825 1.384663 1.762741 3.202318 3.992249 4.690629 8.214511

6_病原生物に対する医薬品.png

Médicaments dont l'objectif principal n'est pas le traitement

En outre, il est classé dans la distribution de médicaments, la médecine diagnostique, la médecine d'hygiène publique, la médecine diagnostique in vitro et autres. En tant que produits pharmaceutiques, l'adénosine, l'édrophonium, etc. appartiennent.

count mean std min 25% 50% 75% max
70 3.336593 1.027391 1.054917 2.544872 3.402247 3.976367 5.783386

7_治療を主目的としない医薬品.png

médicament

En outre, il est classé dans les médicaments alcaloïdes, les médicaments non alcaloïdes et autres.

count mean std min 25% 50% 75% max
15 3.747792 1.351973 1.977279 2.541722 3.994829 5.00452 5.273602

8_麻薬.png

Y a-t-il une différence significative entre les catégories?

Nous avons essayé le test t de Welch entre chacun des deux groupes.

p-value Organes nerveux / sensoriels Chaque organe métabolisme Cellules tissulaires Organisme pathogène Non-traitement médicament
Organes nerveux / sensoriels - 0.000 0.000 0.000 0.000 0.053 0.076
Chaque organe 0.000 - 0.225 0.140 0.000 0.453 0.392
métabolisme 0.000 0.225 - 0.740 0.000 0.140 0.615
Cellules tissulaires 0.000 0.140 0.740 - 0.000 0.093 0.707
Organisme pathogène 0.000 0.000 0.000 0.000 - 0.000 0.272
Non-traitement 0.053 0.453 0.140 0.093 0.000 - 0.281
médicament 0.076 0.392 0.615 0.707 0.272 0.281 -

On considère que la valeur moyenne des médicaments neuro-sensoriels est plus facile à synthétiser que d'autres et que les antibiotiques, les médicaments chimiothérapeutiques et les médicaments anti-allergiques sont difficiles à synthétiser.

Impressions

C'était une bonne pratique pour les Pandas ――Je voudrais comparer les types de cibles [^ 3] -Veuillez commenter si vous signalez des erreurs

[^ 3]: KEGG BRITE: Classification des médicaments basée sur les cibles

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