[PYTHON] Est-il facile de synthétiser un médicament sur le marché?
introduction
- in silico * Même si vous trouvez un composé qui se lie bien à la cible dans la découverte de médicaments, vous voulez éviter ceux qui sont difficiles à synthétiser. Cela dit, il est difficile d'obtenir un chimiste synthétique pour vérifier tous les composés candidats. Par conséquent, avant de passer au mouillé, je voudrais ne sélectionner que ceux qui sont faciles à synthétiser à partir des composés candidats.
Par conséquent, un index utile appelé ** score SA ** qui peut être utilisé avec RDKit [^ 1].
Du résultat
--Moyenne: 3,5 --Média: 3.1
J'espère que cela sera utile lors de la réduction des composés candidats en utilisant le score SA comme guide.
Prétraitement
--2020-04-07 Médicaments actuellement fabriqués et vendus au Japon -D médicaments numérotés (2826 types, doublons) écrits en KEGG DRUG
- Dessalage car je veux voir la facilité de synthèse des principaux fragments
- J'ai emprunté le [desalt.py] de @ yamasakih (https://github.com/yamasakih/docker-compose-razi/blob/feature/customize-for-souyakuRB2018/work/souyakuRB2018/desalt.py) [^ 2] [^ 2]: Commentaire; L'histoire de la création d'une base de données composée accessible depuis le Jupyter Notebook pour la bataille de raid de découverte de médicaments 2018 avec Docker-compose of razi --Qiita --Calculer le score SA
Calcul
Cette fois, nous nous concentrerons sur les composés avec 2 atomes de carbone ou plus. En outre, les mélanges, les agents non médicinaux, les préparations sanguines, les médicaments anticorps, les médicaments bruts, etc. sont exclus car ils ne remplissent pas l'objectif. Le rétrécissement à ce stade est de 1641 composés. Étant donné que ceux classés en plusieurs effets médicinaux sont dupliqués, ils sont supprimés pour former 1436 composés. L'histogramme sera celui décrit ci-dessus.
| mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 3.472627 | 1.262086 | 1.054917 | 2.547814 | 3.14387 | 4.190424 | 9.129873 |
Essayez de diviser par classification des effets médicinaux
La distribution globale se trouve ci-dessus. Il existe également des informations sur la classification de l'efficacité des médicaments, alors voyons s'il y a des différences. Ici, le calcul est basé sur le composé 1641 sans doublons supprimés.
Médicaments pour le système nerveux et les organes sensoriels
De plus, il est classé en médicaments pour le système nerveux central, médicaments pour le système nerveux périphérique, médicaments pour les organes sensoriels et autres. En tant que produits pharmaceutiques, la mémantine et le baclofène appartiennent.
| count | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 3.074675 | 1.066451 | 1.407299 | 2.368182 | 2.79175 | 3.496406 | 8.224301 |
Médecine des organes individuels
En outre, il est classé dans la médecine des organes circulatoires, la médecine des organes respiratoires, la médecine des organes digestifs, la médecine hormonale, la médecine urogénitale et anale, la médecine dermatologique, la médecine dentaire et buccale, et autres. En tant que produits pharmaceutiques, l'olmésartane et l'ésoméprazole appartiennent.
| count | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 567 | 3.436648 | 1.211883 | 1.176561 | 2.556412 | 3.073396 | 4.338626 | 9.129873 |
Médicament métabolique
De plus, il est classé en vitamines, toniques nourrissants, sang et liquides corporels, dialyse artificielle et autres. En tant que produits pharmaceutiques, le plusgrel et la canagliflozine appartiennent.
| count | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 196 | 3.562633 | 1.263028 | 1.58004 | 2.774178 | 3.307104 | 4.199926 | 9.121023 |
Médicaments pour la fonction des cellules tissulaires
En outre, il est classé dans les médicaments utilisant des cellules, les médicaments contre les tumeurs, les radiopharmaceutiques, les médicaments allergiques et autres. Des exemples de produits pharmaceutiques comprennent l'irinotécan et la cétilidine.
| count | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 191 | 3.608295 | 1.438333 | 1.694618 | 2.641493 | 3.066941 | 4.15542 | 7.705978 |
Médecine brute et médecine basée sur la prescription de la médecine chinoise
N'est pas applicable.
Médicaments pour les organismes pathogènes
Il est en outre classé en antibiotiques, agents chimiothérapeutiques, produits biologiques, médicaments antiparasitaires et autres. Des exemples de produits pharmaceutiques comprennent le laninamivir et la rifampicine.
| count | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 4.159825 | 1.384663 | 1.762741 | 3.202318 | 3.992249 | 4.690629 | 8.214511 |
Médicaments dont l'objectif principal n'est pas le traitement
En outre, il est classé dans la distribution de médicaments, la médecine diagnostique, la médecine d'hygiène publique, la médecine diagnostique in vitro et autres. En tant que produits pharmaceutiques, l'adénosine, l'édrophonium, etc. appartiennent.
| count | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 70 | 3.336593 | 1.027391 | 1.054917 | 2.544872 | 3.402247 | 3.976367 | 5.783386 |
médicament
En outre, il est classé dans les médicaments alcaloïdes, les médicaments non alcaloïdes et autres.
| count | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15 | 3.747792 | 1.351973 | 1.977279 | 2.541722 | 3.994829 | 5.00452 | 5.273602 |
Y a-t-il une différence significative entre les catégories?
Nous avons essayé le test t de Welch entre chacun des deux groupes.
| p-value | Organes nerveux / sensoriels | Chaque organe | métabolisme | Cellules tissulaires | Organisme pathogène | Non-traitement | médicament |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Organes nerveux / sensoriels | - | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.053 | 0.076 |
| Chaque organe | 0.000 | - | 0.225 | 0.140 | 0.000 | 0.453 | 0.392 |
| métabolisme | 0.000 | 0.225 | - | 0.740 | 0.000 | 0.140 | 0.615 |
| Cellules tissulaires | 0.000 | 0.140 | 0.740 | - | 0.000 | 0.093 | 0.707 |
| Organisme pathogène | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | - | 0.000 | 0.272 |
| Non-traitement | 0.053 | 0.453 | 0.140 | 0.093 | 0.000 | - | 0.281 |
| médicament | 0.076 | 0.392 | 0.615 | 0.707 | 0.272 | 0.281 | - |
On considère que la valeur moyenne des médicaments neuro-sensoriels est plus facile à synthétiser que d'autres et que les antibiotiques, les médicaments chimiothérapeutiques et les médicaments anti-allergiques sont difficiles à synthétiser.
Impressions
C'était une bonne pratique pour les Pandas ――Je voudrais comparer les types de cibles [^ 3] -Veuillez commenter si vous signalez des erreurs
[^ 3]: KEGG BRITE: Classification des médicaments basée sur les cibles