[PYTHON] Wie man Bio.Phylo benutzt

Ich habe Talevich, Eric et al. Gelesen. "Bio. Phylo: Ein einheitliches Toolkit zur Verarbeitung, Analyse und Visualisierung phylogenetischer Bäume in Biopython." BMC Bioinformatics 13.1 (2012): 1. Mache eine Notiz.

Was ist Biopython?

Eine für die Bioinformatik entwickelte Python-Bibliothek. Die Verwendung wird in Biopython Tutorial and Cookbook erläutert.

pip install biopython

Bio.Phylo

Bio.Phylo kann einen phylogenetischen Baum erstellen.

Obwohl urllib2 in diesem Artikel verwendet wird, ist urlopen in Python3 in urllib integriert.

# coding: utf-8

from Bio import Phylo
from urllib.request import urlopen

handle = urlopen("http://www.phyloxml.org/examples/apaf.xml")

tree = Phylo.read(handle, "phyloxml")

handle.close()

Phylo.draw(tree)

figure_1.png

# coding: utf-8

from Bio import Phylo
from urllib.request import urlopen

handle = urlopen("http://www.phyloxml.org/examples/apaf.xml")

tree = Phylo.read(handle, "phyloxml")

handle.close()

tree.root_at_midpoint()
tree.ladderize(reverse=True)

vertebrata = tree.common_ancestor("Apaf-1_HUMAN", "15_TETNG")

vertebrata.color = "fuchsia"
vertebrata.width = 3
tree.root.color = "gray"

Phylo.draw(tree)

figure_2.png

Wenn Sie draw_ascii () anstelle von draw () verwenden, wird der phylogenetische Baum als ASCII-Grafik ausgegeben.

                                   _ 22_MOUSE
                                  |
                                 _| Apaf-1_HUMAN
                                | |
                               ,| | 12_CANFA
                               ||
                              _||___ 11_CHICK
                             | |
                             | |___________ 16_XENLA
                      _______|
                     |       |       , 14_FUGRU
                     |       |     __|
                     |       |____|  |__ 15_TETNG
                _____|            |
               |     |            |____ 17_BRARE
               |     |
               |     |    ______ 1_BRAFL
               |     | __|
         ______|     ||  |_________ 18_NEMVE
        |      |      |
        |      |      |____________ 23_STRPU
        |      |
       _|      |          _________ 26_STRPU
      | |      |_________|
      | |                |________ 25_STRPU
      | |
      | |                                    ___ CED4_CAEEL
      | |___________________________________|
  ____|                                     |_ 31_CAEBR
 |    |
 |    |                                ___ 28_DROPS
 |    |          _____________________|
 |    |   ______|                     |____ Dark_DROME
 |    |  |      |
 |    |__|      |_______________________ 29_AEDAE
 |       |
 |       |__________________________ 30_TRICA
 |
 |                                                           _ 34_BRAFL
 |                                 _________________________|
_|                           _____|                         |_ 35_BRAFL
 |                          |     |
 |                        __|     |_______________ 8_BRAFL
 |                       |  |
 |                       |  |        ___________________ 20_NEMVE
 |         ______________|  |_______|
 |        |              |          |__________________________ 21_NEMVE
 |        |              |
 |     ___|              |______________________________ 9_BRAFL
 |    |   |
 |    |   |                _____________ 3_BRAFL
 |    |   |          _____|
 |    |   |_________|     |_________________ 2_BRAFL
 |____|             |
      |             |_______________ 19_NEMVE
      |
      |                                     _____ 37_BRAFL
      |            ________________________|
      |___________|                        |____ 36_BRAFL
                  |
                  |______________________ 33_BRAFL

Verweise

Talevich, Eric, et al. "Bio. Phylo: a unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython." BMC bioinformatics 13.1 (2012): 1.

Recommended Posts

Wie man Bio.Phylo benutzt
Verwendung von xml.etree.ElementTree
Verwendung von virtualenv
Wie benutzt man Seaboan?
Verwendung von Image-Match
Wie man Shogun benutzt
Verwendung von Pandas 2
Verwendung von Virtualenv
Verwendung von numpy.vectorize
Verwendung von pytest_report_header
Wie man teilweise verwendet
Verwendung von SymPy
Wie man x-means benutzt
Verwendung von WikiExtractor.py
Verwendung von IPython
Verwendung von virtualenv
Wie benutzt man Matplotlib?
Verwendung von iptables
Wie benutzt man numpy?
Verwendung von TokyoTechFes2015
Wie benutzt man venv
Verwendung des Wörterbuchs {}
Wie benutzt man Pyenv?
Verwendung der Liste []
Wie man Python-Kabusapi benutzt
Verwendung von OptParse
Verwendung von return
Wie man Imutils benutzt
Verwendung der Suche sortiert
[gensim] Verwendung von Doc2Vec
Verstehen Sie, wie man Django-Filter verwendet
Verwendung des Generators
[Python] Verwendung von Liste 1
Verwendung von FastAPI ③ OpenAPI
Wie benutzt man Python Argparse?
Verwendung von IPython Notebook
Wie man Pandas Rolling benutzt
[Hinweis] Verwendung von virtualenv
Verwendung von Redispy-Wörterbüchern
Python: Wie man pydub benutzt
[Python] Verwendung von checkio
[Go] Verwendung von "... (3 Perioden)"
So bedienen Sie GeoIp2 von Django
[Python] Verwendung von input ()
Wie benutzt man den Dekorateur?
[Einführung] Verwendung von open3d
Wie benutzt man Python Lambda?
So verwenden Sie Jupyter Notebook
[Python] Verwendung von virtualenv
python3: Verwendung der Flasche (3)
python3: Wie man eine Flasche benutzt
So verwenden Sie Google Colaboratory
Verwendung von Python-Bytes
Verwendung von cron (persönliches Memo)
Python: So verwenden Sie Async mit
Verwendung der Zip-Funktion
Verwendung des optparse-Moduls