[PYTHON] Auszug nur vollständig aus dem Ergebnis von Trinity

Nicht genug zum Schreiben

Ich werde es als Memorandum belassen Ein Skript, das nur das von Transdocode vorhergesagte vollständige Array aus der Trinity-Ergebnisdatei extrahiert.

compgene_finder.sh


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import sys
from Bio import SeqIO
import csv


fasta_in = sys.argv[1]                            #Geben Sie die Fasta-Datei als erstes Argument an.
for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Öffnen Sie die Fasta-Datei Parse mit SeqIO(Lesen Sie jeweils einen Artikel.
        id_part = record.id                       #Lesen Sie den ID-Teil von fasta
        desc_part = record.description                       #Lesen Sie den ID-Teil von fasta
        seq = record.seq                          #Lesen Sie den Array-Teil von Fastan
        if 'type:complete' in desc_part:
                fasta_seq = '>' +  desc_part + '\n' + seq      #Im Fasta-Format anordnen
                print(fasta_seq)                  #Ausgabe fasta auf Standardausgabe

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