Freut mich, dich kennenzulernen. Ich bin ein Universitätsstudent, der chemische Synthese in einem organischen Labor durchführt. In den letzten Jahren wurden maschinelles Lernen und tiefes Lernen in verschiedenen Bereichen aktiv durchgeführt, aber Chemiker haben auch Bereiche wie Chemoinfomatik, aber sie sind nicht so beliebt.
Daher gibt es nur wenige Bücher und Artikel zum Thema Umgebungskonstruktion. Wie der Titel schon sagt, werde ich hier auch ein Memorandum darüber schreiben, wie eine Umgebung zum Anzeigen organischer Verbindungen mit einem Python-Modul namens RDKit erstellt wird.
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RDKit ist ein Open-Source-Tool für die Chemoinfomatik offizielle RDKit-Website
Millionen von zusammengesetzten Informationen (z. B. 2D / 3D-Informationen und Werte der physikalischen Eigenschaften) können kostenlos verwendet werden.
Anaconda ist eine Plattform, die viele Python-Pakete für Data Science verwaltet.
Ich habe es nicht getan, weil ich es bereits installiert habe, aber ich denke, Sie können sich auf die folgenden Artikel beziehen.
Python-Umgebung mit Anaconda installieren
Anaconda verwaltet Pakete mit dem Befehl "conda" und erstellt eine virtuelle Umgebung.
Das Verfahren auf der offiziellen RDKit-Website ist sehr höflich. Befolgen Sie daher die empfohlene Methode.
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
Eingeben
Proceed ([y]/n)?
Usw. wird angezeigt, fahren Sie also mit "y" fort. Dann werden viele Module automatisch installiert.
conda activate my-rdkit-env
Sie können die Kostümumgebung mit dem Namen "my-rdkit-env" durch Eingabe eingeben. Falls erfolgreich
(my-rdkit-env)PC-Name:user$
Es sollte im Terminal als angezeigt werden. Wenn Sie hier auf Probleme stoßen
cd [anaconda folder]/bin #[anaconda folder]Ist der Ort, an dem Anaconda installiert ist
source activate my-rdkit-env
Bitte versuche. Beim Verlassen der virtuellen Umgebung
conda deactivate
Einfach eintreten.
Installieren Sie als Nächstes die in RDKit häufig verwendeten Module in der virtuellen Umgebung.
conda install numpy matplotlib
conda install pubchempy
conda install cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install boost-cpp boost py-boost
Bis zu diesem Zeitpunkt wurde die für die Verwendung von RDKit erforderliche Mindestumgebungskonstruktion abgeschlossen. Das nächste Mal (wahrscheinlich weiter) werden wir tatsächlich die diesmal konstruierte Umgebung verwenden, um die Verbindungen anzuzeigen.
Eine Umgebung aufzubauen ist am schwierigsten, nicht wahr? Ich frage mich, wie oft ich durch den Aufbau der Umgebung frustriert war ... Diesmal war die offizielle Website sehr gut, so dass sie reibungslos verlief.
Dann eines Tages.
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