Was möchten Sie tun?

Ich möchte die Datei für GrADS mit Python lesen und die Nachbearbeitung durchführen. ――Aber die Umgebung gemeinsam genutzter Computerressourcen muss sauber sein ――Es gibt jedoch viele Dinge, die Sie installieren möchten, z. B. Konvertierungssoftware und Bibliotheken.

Verwenden wir also die Containervirtualisierung.

Docker Was mit Docker gut ist, ist, dass Sie einen dedizierten virtuellen Computer erstellen können, der die erforderliche Nachbearbeitung durchführt, ohne die Computerressourcen zu verschmutzen. Sie können einen Container starten, wenn Sie ihn verwenden, ihn nach der Verarbeitung verwerfen und bei Bedarf erneut starten. Im Fall von Docker sind die Startkosten sehr niedrig, sodass Sie es einfach starten, einen Prozess ausführen und dann erneut verwerfen können.

Verfahren zur Erhaltung der Umwelt

Es wäre schön, eine Docker-Datei für die Automatisierung zu schreiben, aber jetzt starte und pflege ich einfach die Shell und verpflichte sie einfach, um das Image zu erstellen. Wenn Sie es längere Zeit verwenden möchten, sollten Sie eine Docker-Datei erstellen, damit es aktualisiert werden kann. Es ist jedoch besser, zuerst die Grundfunktionen in der Shell zu überprüfen.

Dieses Mal, basierend auf Ubuntu, installieren Sie cdo, pip3 und netcdf4.

1. Ziehen Sie das Originalbild (nehmen Sie es auf) und führen Sie es aus

Dieses Mal werde ich Ubuntu verwenden.

$ docker pull ubuntu/ubuntu

$ docker images

Sie können bestätigen, dass das Bild erstellt wurde.

So führen Sie das Image aus

$ docker run -it ubuntu/ubuntu

Wird besorgt.

2. Installation der erforderlichen Software

Installieren Sie pip3 und cdo. Installieren Sie auch "netCDF4" mit "pip3".

# apt update
# apt install python3 python3-pip cdo
# pip3 install netCDF4

3. Funktionsprüfung

Überprüfen Sie, ob es mit cdo richtig konvertiert werden kann und netCDF4 auch importiert werden kann.

# python3
>>> import netCDF4 as nc
>>> ^D
# cdo
....

4. Verpflichten Sie sich, ein Bild zu erstellen

Verwenden Sie den Befehl exit oder Strg + d, um ein Bild zu beenden und zu erstellen. Die zum Erstellen des Bildes erforderliche Container-ID erfordert "-a", um den abgeschlossenen Container zu bestätigen.

# exit
(host) $ docker ps -a

Ich denke, der Bildschirm wird so aussehen. Die CONTAINER-ID ist die Container-ID, die zum Zeitpunkt des Festschreibens angegeben wurde. Es gibt einen Bildnamen in IMAGE, der vor ** in STATUS beendet wurde, sodass Sie sehen können, welchen Sie haben.

$ docker commit [container id] [author]/[Bildname]

Lassen Sie uns so begehen.

$ docker images

Sie können bestätigen, dass das Bild erstellt wurde.

5. Lassen Sie mich tatsächlich rechnen

Es gibt zwei Möglichkeiten, um tatsächlich zu berechnen, und Sie können es ausführen und dann interaktiv über die Shell ausführen. Dieses Mal werde ich jedoch einen Befehl zum Zeitpunkt der Ausführung angeben und ausführen.

Indem Sie das Verzeichnis der Programme und Datengruppen an Docker binden, können Sie vom Container aus problemlos darauf zugreifen. Führen Sie auch eine X-Weiterleitung durch, um das Diagramm zu überprüfen.

$ sudo docker run -e DISPLAY=$DISPLAY --net host -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix -v $HOME/.Xauthority:/root/.Xauthority -v /home/xxx/:/home/ --shm-size 16g xxx/ubuntu-cdo2 /bin/bash -c "cd /home/speedy-epyc/speedy/python-script; python3 rmse.py"

Fügen Sie bei Bedarf --shm-size hinzu, wenn ein Programm fehlt.

Mit Docker durchgeführte Umgebungswartung (Ich möchte GrADS in Python nachbearbeiten