Einführung

Mit RDKit möchte ich mit SMARTS ein Reaktionsmuster definieren und aus dem Reaktanten basierend auf diesem Muster ein Produkt erzeugen.

Umgebung

Windows 10
RDkit 2019.03.3.0

Methode

Bitte beachten Sie die Referenzen.

Reaktion habe ich diesmal versucht

Dieses Mal möchte ich die Hydroxylierungsreaktion von Kohlenstoffatomen ausprobieren. Das SMARTS-Muster ist wie folgt.

[C:1]>>[C:1][OH]

Die folgenden Verbindungen wurden als Reaktionsprodukt ausprobiert.

Quelle

Die Quelle ist wie folgt. Ich habe versucht, alle Produkte auszugeben, die durch die Reaktion auf ein Bild entstanden sind.

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from io import BytesIO
from cairosvg import svg2png
from IPython.display import SVG
from rdkit import Chem

#Bildausgabe
def generate_image(mol, size, path, name):

    image_data = BytesIO()
    view = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(size[0], size[1])
    tm = rdMolDraw2D.PrepareMolForDrawing(mol)

    view.DrawMolecule(tm)
    view.FinishDrawing()
    svg = view.GetDrawingText()
    SVG(svg.replace('svg:', ''))
    print(path + "/" + name)
    try:
        svg2png(bytestring=svg, write_to=path + "/" + name + ".png ")
    except:
        pass


def main():
    reactant_1 = Chem.MolFromSmiles('COc2ccc1cccc(CCNC(C)=O)c1c2')
    reaction_pattern = '[C:1]>>[C:1][OH]'
    rxn = AllChem.ReactionFromSmarts(reaction_pattern)
    x = rxn.RunReactants([reactant_1])
    for i, mol in enumerate(x):
        print(mol[0])
        try:
            Chem.SanitizeMol(mol[0])
            generate_image(mol[0], (300, 300), "tmp", "metablite_{0}".format(i))
        except:
            print("Error")
            print(Chem.MolToMolBlock(mol[0]))


if __name__ == "__main__":
    main()

Bestätigung

Es wurden vier Produkte erhalten. Einer war ein Fehler aufgrund der Gebühr beim Desinfizieren. Lassen Sie uns das Ergebnis mit einem Bild überprüfen.

Produkt 1

Produkt 2

Produkt 3

Produkt 4

Produkt 5 (Ladefehler durch Desinfektionsprozess)

Erwägung

Das Ergebnis ist wie erwartet.
Es gab keine Reaktion des aromatischen Rings auf das C-Atom, aber der Grund ist nicht klar. Es ist notwendig, die Spezifikationen zu bestätigen (zukünftige Probleme) ――In jedem Fall scheint es notwendig zu sein, zu beurteilen, ob der hergestellte Reaktant eine gültige Verbindung ist.

[PYTHON] RDKit definiert das Reaktionsmuster mit SMARTS und erzeugt einen Reaktanten