[PYTHON] Erstellen Sie mit RDKit einen Befehl zum Suchen nach ähnlichen Verbindungen aus der Zieldatenbank und überprüfen Sie die Verarbeitungszeit

Einführung

Ich habe mich gefragt, wie lange es dauern würde, bis die Abfrageverbindung mit RDKit nach ähnlichen Verbindungen aus der Zieldatenbank (nur SDF) sucht, also habe ich einen Befehl geschrieben.

Quelle

Bei der Berechnung der Ähnlichkeit wird häufig ein Fingerabdruck erstellt und der Tanimoto-Koeffizient zur Bestimmung der Ähnlichkeitsbewertung verwendet. Fingerabdrücke sind Teile chemischer Struktur und es gibt verschiedene Methoden. Hier habe ich versucht, die wichtigsten MACCS-Schlüssel mit einer kleinen Anzahl von Bits zu verwenden.

import argparse
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors, AllChem
from rdkit import rdBase, Chem, DataStructs


def main():
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument("-query", type=str, required=True)
    parser.add_argument("-target_db", type=str, required=True)
    args = parser.parse_args()

    #Abfrage lesen
    mol_block = ""
    with open(args.query) as f:
        for line in f:
            mol_block += line

    query_mol = Chem.MolFromMolBlock(mol_block)

    #SDF wird geladen
    target_sdf_sup = Chem.SDMolSupplier(args.target_db)

    #FingerPrint-Berechnung(query)
    query_fp = AllChem.GetMACCSKeysFingerprint(query_mol)

    #FingerPrint-Berechnung(target)
    target_fps = [AllChem.GetMACCSKeysFingerprint(mol) for mol in target_sdf_sup]

    for i, target_fp in enumerate(target_fps):
        result = DataStructs.TanimotoSimilarity(query_fp, target_fp)
        print(i, result)


if __name__ == "__main__":
    main()

Wie benutzt man

So was. Vielen Dank, dass Sie argparse.

usage: StructureSimilaritySearch.py [-h] -query QUERY -target_db TARGET_DB

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -query QUERY(mol)
  -target_db TARGET_DB(sdf)

Verarbeitungszeit

Suchen Sie wie gewohnt nach 1024 Zugdaten der Löslichkeit von RDkit. Abfrage ist angemessen. Dann wird es in ca. 1 Sekunde zurückgegeben. Wenn es 10.000 Einheiten sind, scheint es so, wie es ist, vernünftig zu sein.

Referenz

• https://future-chem.com/rdkit-fingerprint/