CIF2Cell download | SourceForge.net Geschrieben in Python, das die Eingabedatei (spezifizierter Teil der atomaren Anordnung) des ersten Hauptberechnungscodes (abinit, elk, vasp, pwscf usw.) von cif (kristallographische Informationsdatei) ausgibt, das ein Kristallstrukturformat ist. App.
Versuchen Sie, so viel wie möglich mit allgemeinen Benutzerrechten zu installieren.
Angenommen, Sie haben "cif2cell-1.2.10.tar.gz" abgerufen.
Verschieben Sie mit $ tar -zxvf cif2cell-1.2.10.tar.gz die erweiterte cif2cell-1.2.10 nach / home / user / sources. Wechseln Sie in dieses Verzeichnis.
Um cif2cell zu installieren, benötigen Sie eine App namens PyCiRW, die im cif2cell-Code enthalten ist. Gehen Sie zu "PyCifRW-3.3", das mit "$ tar -zxvf PyCifRW-3.3.tar.gz" erweitert werden kann.
Grundsätzlich ist es die Art, die durch die sogenannte "python setup.py install" installiert wird. Dieses Verfahren erfordert jedoch etwas Einfallsreichtum, da versucht wird, eine Datei in "/ usr / lib64 / python2.7 / site-packages" zu generieren, die ohne Administratorrechte nicht hinzugefügt werden kann.
Führen Sie Python aus,
import sys
print(sys.path)
Lassen Sie uns also den Pfad überprüfen, auf den jetzt verwiesen werden kann. Wenn sich darin ein Teil befindet, der von allgemeinen Benutzern bearbeitet werden kann, z. B. "home / user / .local / lib / python2.7 / site-packages", können Sie ihn dort ablegen. Ich möchte jedoch diejenigen, die ich mit äußerster Unschuld installiert habe, separat aufbewahren, damit ich sie sehen kann, damit ich einen klaren Ort für die Platzierung finden kann.
Das Installationsziel ist "/ home / user / opt / PyCifRW-3.3". Wenn ich später versuche, dieses Verzeichnis als Präfix der Installation anzugeben, ärgere ich mich darüber, dass der richtige Pfad nicht festgelegt ist. Dies liegt daran, dass der Pfad, der an das einzugebende Verzeichnis angehängt ist, nicht den oben untersuchten Pfad überschreitet. Also habe ich beschlossen, den Pfad entsprechend hinzuzufügen. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, diesen Pfad festzulegen, aber hier lösen wir ihn, indem wir die Umgebungsvariable "PYTHONPATH" festlegen.
export PYTHONPATH=/home/user/opt/PyCifRW-3.3/lib64/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
Dann wird die Umgebungsvariable "PYTHONPATH" entsprechend eingestellt. Dieses Verzeichnis existiert vor der Installation nicht. Wenn Sie jedoch nicht unter dem Ziel nachsehen, um "lib64 / python2.7 / site-packages" zu installieren und zu ergänzen, wird es in der nachfolgenden Installation moosig.
python setup.py install --prefix=/home/user/opt/PyCifRW-3.3
Es war in Ordnung und die Installation wurde abgeschlossen. In INSTALL in dem Verzeichnis, in dem sich die Quelle befindet,
import CifFile
Wenn es mit importiert werden kann, bedeutet dies, dass die Installation erfolgreich war.
Wahrscheinlich scheint dies eine Prozedur zu sein, die immer verwendet werden kann, wenn "python setup.py install" mit allgemeinen Benutzerrechten ausgeführt wird.
Zu diesem Zeitpunkt ist es sonnig und Sie können cif2cell installieren. Wechseln Sie in das Verzeichnis, in dem sich die cif2cell-Quelle befindet
python setup.py install --prefix=/home/user/opt/cif2cell-1.2.10
Die Installation ist abgeschlossen mit.
Setzen Sie den Pfad natürlich in cif2cell,
export PYTHONPATH=/home/user/opt/cif2cell-1.2.10/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
Ist notwendig. Ohne dies wird es Moos bei "from utils import *" von "cif2cell" sein. Der bei der Installation von PyCifRW angegebene PYTHONPATH muss bei der Ausführung von cif2cell weiterhin angegeben werden.
Verwendung der grundlegenden Befehle von cif2cell
cif2cell *.cif -p abinit
Wenn Sie also eine Eingabedatei mit elk oder vasp erstellen möchten, ändern Sie den Teil von abinit in elk oder vasp.
Wenn Sie die Ausgabedatei benennen möchten
cif2cell *.cif -p abinit -o hoge.in
Geben Sie den gewünschten Dateinamen nach "-o" wie in an.
Es gibt ein Beispiel für cif in cifs oder / home / user / opt / cif2cell-1.2.10 / lib / sample_cifs im Verzeichnis, das den Quellcode enthält, sodass Sie es sofort ausführen können.
Durch Angabe der Option können Sie diese ausführlich verwenden. Zum Beispiel
cif2cell *.cif -p abinit --no-reduce
Zeigen Sie die Eingabedatei in einer nicht primitiven Zelle an (wahrscheinlich in einem Bravais-Raster).
Weitere Optionen finden Sie mit $ cif2cell -h. Ein offizielles PDF-Handbuch finden Sie unter / home / user / opt / cif2cell-1.2.10 / lib / docs. Es scheint, dass Sie aus einer primitiven Zelle eine Superzelle einer geeigneten Größe herstellen können (ich habe sie nie verwendet).
Mit XCrySDen kann die Kristallstruktur leicht visualisiert und der Pfad des k-Raums in der entsprechenden Brillouin-Region leicht erzeugt werden. XCrySDen kann Eingabedateien im pyscf-Format lesen, daher ist es auch für diesen Zweck zweckmäßig, mit pwscf auszugeben.
Sie können es auch finden, indem Sie mit "(Stoffname oder chemische Formel) cif" googeln. Ich kenne die Quelle des cif nicht und suche es daher immer in der [Anorganic Material Database (AtomWork)] von NIMS (https://crystdb.nims.go.jp/). Da es im Wesentlichen auf den in der Literatur angegebenen Werten basiert, ist es gut, die Quelle zu kennen. Wenn Kristalle mit der Struktur zum ersten Mal berechnet werden sollen, geben Sie das cif in VESTA ein und sehen Sie sich um, oder lesen Sie die Kristalldaten direkt vom Papier und generieren Sie das cif über VESTA, um die Konsistenz zu überprüfen. Vielleicht möchten Sie es in Materials Project überprüfen (ich habe es nie verwendet).
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