[PYTHON] J'ai essayé d'adapter la fonction exponentielle et la fonction logistique au nombre de patients positifs au COVID-19 à Tokyo

Contexte

Quelqu'un a adapté la tendance mondiale de l'infection au COVID-19 à des fonctions exponentielles et logistiques et calculé la période de doublement (https://github.com/aatishb/covid), donc clonez-la. Je l'ai appliqué aux données sur le nombre de patients publiées par le gouvernement métropolitain de Tokyo.

La raison pour Tokyo est que s'il s'agit de données nationales, la différence de circonstances selon la région sera mélangée dans une seule distribution, il est donc plus facile de l'appliquer au modèle idéal d'explosion de l'infection dans une zone limitée. .. C'est également la région la plus à risque au Japon.

La méthode d'analyse et les précautions sont écrites dans le cahier.

résultat

Le notebook est ici: https://github.com/msakuta/covid/blob/master/curvefit-tokyo.ipynb

** Based on Most Recent Week of Data **

	Confirmed cases on 2020-04-02 00:00:00 	 587.0
	Confirmed cases on 2020-03-26 00:00:00 	 212.0
	Ratio: 2.77
	Weekly increase: 176.9 %
	Daily increase: 15.7 % per day
	Doubling Time (represents recent growth): 4.8 days

** Based on Logistic Fit**

	R^2: 0.9753797360404987
	Doubling Time (during middle of growth):  12.02 (± nan ) days

** Based on Exponential Fit **

	R^2: 0.975379736914424
	Doubling Time (represents overall growth):  6.01 (± 0.38 ) days

Il convient de noter la valeur de R ^ 2, qui dépasse 0,97 pour les fonctions exponentielles et logistiques, et peut être considérée comme suivant une trajectoire de croissance explosive typique.

Sur la base du nombre de cas de la semaine la plus récente, la période de doublement est de 4,8 jours, la fonction logistique est de 12,02 jours (au point de gradient maximal) et la fonction exponentielle est de 6,01.

Une fois extrapolée

L'extrapolation de la fonction exponentielle n'est généralement pas une bonne idée, mais si la croissance exponentielle se poursuit, elle sera d'environ 20 000 dans 30 jours.

Bien sûr, il n'est pas facile de conclure que cela se produira. La ville a également demandé de s'abstenir de sortir et les perceptions des gens ont considérablement changé au cours des dernières semaines. Je pense qu'il y a de bonnes chances qu'elle converge rapidement. Cependant, en regardant ce graphique, je dois penser que c'est un temps assez nul pour dire "je marche à peine dessus" ...

La chose effrayante à propos du COVID-19 est qu'il a une période de latence inconsciente pendant laquelle il peut propager le virus. Selon la Japan Society for Infectious Diseases, cette période de latence est de 1 à 14 jours (https://www.kansensho.or.jp/ref/d77.html), mais elle est la plus longue pour prendre des mesures à cet effet. Cela signifie qu'il y a un délai d'environ deux semaines. Personnellement, je pense qu'il est trop tard pour déclarer une urgence maintenant.

De plus, le nombre de tests au Japon est considérablement plus petit que dans d'autres pays, on ne sait donc pas combien de personnes infectées non détectées se cachent.

Ce qui est encore plus difficile, c'est que les choses changent radicalement chaque semaine, donc je pense qu'il y a des domaines où les sentiments des gens ordinaires ne rattrapent pas. Cependant, même à Tokyo, un mois plus tard, comme à New York, les corps débordant de l'hôpital peuvent être conservés au réfrigérateur.

Heureusement, le nombre de personnes infectées est mis à jour quotidiennement, je voudrais donc garder un œil sur les tendances autant que possible.

référence

Bien que présentée par l'auteur original de Notebook, la vidéo suivante est fortement recommandée.

https://www.youtube.com/watch?v=Kas0tIxDvrg

https://www.youtube.com/watch?v=54XLXg4fYsc&t=1s