** Les informations suivantes sont obsolètes. Veuillez consulter ici pour les dernières informations. ** **

Comment installer

__Remarque: E-Cell 4 est actuellement en cours de développement. Veuillez noter qu'il a probablement un élément de pilier humain. __

Dépôt: https://github.com/ecell/ecell4
Documentation officielle: http://ecell4.readthedocs.org/en/latest/

L'installation de jupyter [notebook], numpy, matplotlib, etc. est vraiment facultative, mais il est certainement préférable de l'utiliser.

Pour les fenêtres

Installez la ** version 32 bits ** Miniconda pour Windows à partir de http://conda.pydata.org/miniconda.html [^ 1 ].

[^ 1]: Si vous disposez de suffisamment d'espace, vous pouvez gagner du temps en utilisant Anaconda avec toute la capacité. Https://www.continuum.io/downloads

Démarrez l'invite de commande cmd et installez d'autres bibliothèques Python dépendantes [^ 2].

conda update pip conda install hdf5 jupyter matplotlib


 [^ 2]: non requis pour Anaconda.

 3. Continuez à installer E-Cell 4. Pour Python 3, exécutez la partie inférieure.

    ```
pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0/ecell-4.0.0-cp27-none-win32.whl
# pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0/ecell-4.0.0-cp35-none-win32.whl

Bien que ce soit une option, si vous souhaitez utiliser la fonction d'affichage vidéo, installez FFmpeg depuis http://ffmpeg.zeranoe.com/builds/ et le chemin PATH Laissez passer.

Pour Mac

Pour Mac OS X, E-Cell 4 lui-même peut être installé avec homebrew.

brew tap ecell/ecell4
brew install ecell4

installer gsl en utilisant homebrew

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
brew install gsl

Préparer l'environnement Python

Comme Python, numpy et matplotlib sont déjà inclus, installez IPython Notebook à l'aide de pip.

curl -O https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
sudo python get-pip.py
sudo pip install "ipython[notebook]"

Installation de l'E-Cell 4

Ensuite, installez E-Cell 4. Pour Yosemite (10.10),

sudo pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0-beta2/ecell4-4.0.0b2-cp27-none-macosx_10_10_intel.whl

Pour les non-conformistes (10,9),

sudo pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0-beta2/ecell4-4.0.0b2-cp27-none-macosx_10_9_intel.whl

Peut être installé avec.

Comment utiliser

Si IPython Notebook est installé, lancez-le comme suit. Le navigateur démarre et vous devriez être redirigé vers la page principale d'IPython Notebook. Veuillez noter que des problèmes peuvent survenir lors de l'utilisation d'IE ou de Safari. S'il vous plaît.

ipython notebook

Après avoir créé un nouveau bloc-notes et exécuté ``% matplotlib inline '' sur la première ligne, vous pouvez exécuter le code ci-dessous pour afficher les résultats de la simulation sous forme de graphique.

`test1.py`


%matplotlib inline
import numpy
from ecell4 import *

with reaction_rules():
    A + B == C | (0.01, 0.3) #Réaction réversible

run_simulation(10, {'A': 60, 'B': 60})

Le résultat devrait ressembler à ceci: