** Les informations suivantes sont obsolètes. Veuillez consulter ici pour les dernières informations. ** **
E-Cell4 est utilisé en vérifiant la branche win32. Si nécessaire, installez et utilisez Git vous-même: https://github.com/ecell/ecell4
Ce qui suit a été utilisé pour la construction:
Installez Python et Visual C ++ normalement.
Décompressez GSL, stdint, Boost dans un emplacement approprié.
Extrayez hdf5-1.8.14-win32-vs2012-shared.zip et exécutez HDF5-1.8.14-win32.exe pour l'installer. Il est facultatif de transmettre ou non l'emplacement et le chemin d'installation.
C: \ chemin \ vers \ ecell4 \ ecell4 \ core \ config.h.win32 est appelé C: \ chemin \ vers \ ecell4 \ ecell4 \ core \ config.h Enregistrer sous. Ou créez config.h sous C: \ chemin \ vers \ ecell4 \ ecell4 \ core avec le contenu suivant:
#ifndef __ECELL4_CONFIG_H #define __ECELL4_CONFIG_H #define HAVE_BOOST_UNORDERED_MAP_HPP 1 #define HAVE_BOOST_FUNCTIONAL_HASH_HPP 1 #endif /* __ECELL4_CONFIG_H */
5. C: \\ chemin \\ vers \\ ecell4 \\ ecell4 \\ egfrd \\ config.h.win32 est appelé C: \\ chemin \\ vers \\ ecell4 \\ ecell4 \\ egfrd \\ config.h Enregistrez par nom.
6. Extrayez virtualenv-1.11.6.tar.gz pour que Python puisse être exécuté:
```
C:\path\to\virtualenv-1.11.6> python virtualenv.py C:\path\to\myenv
C: \ chemin \ vers \ myenv peut être n'importe où, mais sachez que cela ne fonctionnera pas si le chemin contient des espaces (comme votre nom d'utilisateur).
Accédez à C: \ chemin \ vers \ myenv et installez Cython et Numeric Python comme suit:
C:\path\to\myenv> Scripts\activate.bat (myenv) C:\path\to\myenv> pip install cython (myenv) C:\path\to\myenv> pip install numpy
8. Dans l'environnement virtualenv:
Au lieu d'appeler make_sjy_table.py et make_cjy_table.py qui utilisent scipy, vous pouvez obtenir les SphericalBesselTable.hpp et CylindricalBesselTable.hpp créés séparément et les placer sous le répertoire C: \ path \ to \ ecell4 \ ecell4 \ egfrd.
```
(myenv) C:\path\to\myenv> cd C:\path\to\ecell4\python
(myenv) C:\path\to\ecell4\python> python setup.py build_ext -IC:\path\to\boost_1_55_0;C:\path\to\gsl\include;C:\path\to\HDF5_Group\HDF\1.8.14\include;C:\path\to\stdint-20070624 -LC:\path\to\gsl\lib;C:\path\to\HDF5_Group\HDF\1.8.14\lib install
(myenv) C:\path\to\ecell4\python> python samples\simple.py
La création du package se poursuit ci-dessus:
(myenv) C:\path\to\ecell4\python> pip install wheel (myenv) C:\path\to\ecell4\python> python setup.py bdist_wheel
Vous devriez maintenant avoir un WHL sous C: \\ chemin \\ vers \\ ecell4 \\ python \\ dist.
2. Téléchargez et extrayez les éléments suivants
https://www.dropbox.com/s/79jrmw1vtv61e6t/ecell4-0.0.0-cp27-none-win32-whl.zip
3. Sous le répertoire étendu ecell4-0.0.0-cp27-none-win32-whl:
```
(myenv) C:\path\to\ecell4-0.0.0-cp27-none-win32-whl> pip install ecell4-0.0.0-cp27-none-win32.whl
La dll étant requise au moment de l'exécution, installez le binaire HDF5 comme décrit ci-dessus et passez-le par le chemin si nécessaire.
(myenv) C:\path\to\ecell4-0.0.0-cp27-none-win32-whl> set PATH=%PATH%;C:\path\to\HDF5_Group\HDF\1.8.13\bin
5.Essayez de le faire ci-dessous.J'espère tester.h5 doit être créé:
```
(myenv) C:\path\to\ecell4-0.0.0-cp27-none-win32-whl> python simple.py
6.Présentation du notebook IPython,commencer:
```
(myenv) C:\path\to\myenv> pip install ipython[notebook]
(myenv) C:\path\to\myenv> ipython notebook
#Points de préoccupation
1.Dois-je créer un package lors de la création de HDF5?? ALL_La DLL a été créée simplement en construisant BUILD, mais cela n'a pas fonctionné..Vous devez installer NSIS pour créer un package,Ça a l'air inutile.Et bien c'est bien car c'est facile à redistribuer.
3.Avertissement qui apparaît en grand nombre au moment de la construction.Il semble qu'il s'agisse principalement de conversion de type implicite.Je veux l'écraser un jour.
<stdint.h>sur.Mendoi à installer séparément.Je ne sais pas quoi faire,c'est.
config.h n'est pas assez bon.Boost non ordonné_la carte n'est pas très bien mise en œuvre, Visual C++Je veux penser à une alternative pour. ->Peut-être, std::tr1 peut être utilisé.
6.IPython sera disponible avec pip.IPython Notebook est également pyzmq, jinja2,Vous pouvez le faire en installant tornade de pip,Certains d'entre eux peuvent devoir être construits.J'espère que cela peut être fait avec Wheel, mais je n'ai pas confirmé.L'IPython d'Anaconda est MinGW32, donc cela ne fonctionnera probablement pas.
#À propos de la propre version de HDF5
Les choses nécessaires:
1.HDF5 à Visual C++Construisez le vôtre en 2008.Décompressez d'abord le fichier,Ensuite, créez un autre répertoire pour la construction.(hdf5-1.8.13-BUILD).
2.CMake 3 depuis le menu de démarrage, etc..0.0>CMake (cmake-gui)Commencer. "Where is the source code:"Vers C:\path\to\hdf5-1.8.13, "Where to build the binaries"Vers C:\path\to\hdf5-1.8.13-Spécifiez BUILD.Appuyez sur le bouton Configurer ci-dessous.Une boîte de dialogue s'ouvre, "Specify the generator for this project"Parce qu'il est demandé, "Visual Studio 9 2008"alors"Use default native compilers"Sélectionner"Finish".
3.L'entrée est automatiquement affichée, mais à partir de, BUILD_SHARED_LIBS, HDF5_BUILD_CPP_LIB, HDF5_PACKAGE_Définissez EXTLIBS sur True.En dehors de cela, vous pouvez le laisser tel quel.ensuite,Appuyez sur le bouton Générer.
5.TOUT de l'explorateur à gauche_Faites un clic droit sur BUILD,Construire.après,Faites un clic droit sur PACKAGE,Construireする. C:\path\to\hdf5-1.8.13-Ci-dessous BUILD_CPack_Packages\win\NSIS\HDF5-1.8.13-gagner est fait et hdf5 sous bin.OK si dll est créé(hdf5_D.S'il s'agit d'une DLL, etc., vérifiez la configuration de la solution ci-dessus).
#À propos des correctifs
Moins que,Anciennes informations.Maintenant, voyez la différence entre la branche win32 et master.
https://github.com/ecell/ecell4/compare/win32
(Vieux)À propos des correctifs.
https://gist.github.com/kaizu/00e480fb3285b1296485
1.Pourquoi, gsl_pow_2, gsl_pow_3 chutes sur le lien. gsl_pow_Peut être utilisé avec int.Ça n'a pas de sens.
2.Problème que typeof ne peut pas être utilisé. GetType,Je peux utiliser typeid, mais je ne suis pas sûr.S'il n'y a pas de changement dans gsl, il n'y a pas de problème, j'ai donc codé en dur le type pour le moment.
4.cbrt est math.Problèmes pas en h.Mis en œuvre à la place avec pow.Au moins en ligne.
5.rint est math.Problèmes pas en h.Il semble que vous puissiez l'implémenter vous-même, boost/numeric/interval/detail/msvc_rounding_control.Il semble que hpp change bien de ce côté, alors je me suis référé à cela.
7.Le nom de la bibliothèque de gslcblas est différent. gslcblas->cblas.
__PRETTY_FUNCTION__Problèmes qui ne peuvent pas être utilisés.C'est juste un message d'erreur__FUNCTION__Juste utiliser.9.Nom de type inutile supprimé.Ça fait du bien de s'engager normalement.Confirmer plus tard.
10.Le problème que vsnprintf n'est pas std.
12.Regex pour Windows.Problème sans h.Boost regex nécessite des binaires, évitez donc les regex standard Unix.J'ai essayé d'utiliser h,Puisque Windows n'est pas Unix en premier lieu, regex.non h.D'autre part, Visual C++Regex est implémenté en standard dans,L'API semble être exactement la même que Boost regex(Ou plutôt std::tr1)Donc j'ai juste résolu l'espace de noms etc. et passé pour le moment.Les résultats doivent être testés.
#Lien de référence
http://homepage2.nifty.com/nonnon/Chinamini/20110001/20110307.html
http://david.geldreich.free.fr/dev.html
http://www.kijineko.co.jp/node/63
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/1deeycx5%28v=vs.90%29.aspx
http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/unpacked/COPYING
http://qiita.com/toruuetani/items/b0000e9f5c89a350d4f8