Ich möchte ein Pfaddiagramm der verteilten co-verteilten Strukturanalyse (SEM) ausgeben, indem ich Python und R verbinde.

Motivation

• Ich kann kein Modul finden, das Sem mit Python macht!
• Ich möchte automatisch ein schönes Sem-Diagramm ausgeben
• Ich möchte R für Python verwenden ――Es ist R (ich fühle), dass der juckende Teil der Analyse erreicht werden kann. -Nach R vs Python: Datenanalyse vergleichen
• Python ist für andere Aufgaben als Statistiken einfacher --R unterstützt im Allgemeinen mehr Statistiken

** Theorie: Die stärkste Theorie, wenn sie mit Python und R ergänzt wird **

--R und Python können mit "pyper" verknüpft werden, einem Python-Modul.

Pyper-Einstellungen auf Python

--Pyper installieren pip install pyper

• Importieren Sie Pyper und erstellen Sie einen Pyper-Einzug
• Es ist notwendig, den Pfad von R mit "RCMD =" anzugeben (mit //)
• Durch Setzen von use_numpy = 'True', use_pandas = 'True' ist es möglich, numpy Daten vom Typ Pandas in R zu lesen.

python

import pyper 
import os
import numpy as np
import pandas as pd
#Erstellen Sie einen Pyper-Einzug
r = pyper.R(RCMD="C:\\Program Files\\R\\R-3.2.5\\bin\\x64\\R", use_numpy='True', use_pandas='True')

Erstellen einer Sem-Programmdatei in R.

• Zuerst habe ich Rs "sem" -Paket verwendet, aber ich habe eine Reihe von Fehlern erhalten und bin zu "lavaan" (Weinen) gewechselt.
• Die Sem-Funktion in Lavaan war einfacher einzurichten.
• Informationen zum Erstellen dieser Datei finden Sie unter Versuchen Sie "Erste gemeinsam verteilte Strukturanalyse Amos-Pfadanalyse" mit Lavaan. Wir bekamen. --R hat vorinstallierte Pakete "lavaan" und "semplot" zur Verwendung ――Es scheint, dass die Verwendung dieses "Semplots" leicht ein Diagramm des Schätzergebnisses von "Lavaan" ausgeben kann.
• Dieses R-Programm erstellt ein SEM-Modell, schätzt es und speichert das Pfaddiagramm als .png.

R(lavaan.R)

library(lavaan)
library(semPlot)

r <-  cor(dat)

model1 <- ('
  reach=~a1*Intermediate_test+a2*term_end_exam+a3*minitest
  skill=~b1*mock_examination1+b2*mock_examination2+b3*mock_examination3 
  reach~~skill
  ')

fit <- sem(model1, sample.cov=r, sample.nobs=284)


png("C:\\Users\\xxxxxxxx\\Documents\\Python Scripts\\python_R\\semplot.png ") 
semPaths(fit, "std", edge.label.cex = 1,line = 3, curvePivot = TRUE,
         sizeMan = 8, sizeInt = 1, sizeLat = 8)
dev.off()

Verknüpfe Python und R.

• Lassen Sie Python die Daten lesen
• Diesmal Analyse mit R (SEM) von Ich habe "Buchnutzungsdaten" ins Englische konvertiert und verwendet.

python

test = pd.read_csv("C:\Users\xxxxxxx\Documents\R\input\data\ch14sem.csv")

--Pass Python-Daten an R.

• Übergeben Sie "test" an R als "dat".

python

r.assign("dat", test)

• Führen Sie die R-Datei "lavaan.R" mit Python aus

python

r("source(file='C:\\Users\\xxxxx\\Documents\\R\\input\\script\\lavaan.R')")

--r.get ("")kann Objekte in R extrahieren

python(Extraktion der Korrelationsmatrix)

 r.get("r")

• Es ist möglich, den R-Befehl auf Python mit r (" ") auszuführen und das Ergebnis auszugeben.

python(Anzeige des geschätzten Ergebnisses)

print r("summary(fit, standardized=TRUE, fit.measure=TRUE)")

Ausgabepfaddiagramm

Gemäß semPlot-Beispiele | --Sacha Epskamp kann dieses Pfaddiagramm detailliert festgelegt werden. (Dadurch sollte es nicht mehr erforderlich sein, ein Pfaddiagramm mit Powerpo oder [draw.io] zu zeichnen (https://chrome.google.com/webstore/detail/drawio-diagrams/onlkggianjhjenigcpigpjehhpplldkc?hl=ja). .)

Wo es stecken bleibt

• Wenn Sie den Einzug in R nicht anordnen, tritt in Python ein Fehler auf, auch wenn in R kein Fehler vorliegt. --Plot on R wurde nicht mit r.get (" ") nach Python gebracht, aber .png wurde ausgegeben. --Verwenden Sie //, um den Pfad anzugeben.

Die Seite, die ich als Referenz verwendet habe

Analyse mit R (SEM)

http://mizumot.com/handbook/?page_id=625

Versuchen Sie "Erste Co-Dispersionsstrukturanalyse Pfadanalyse von Amos" mit Lavaan

https://sites.google.com/site/officeoga/r/hajimeteno

Funktioniert mit Python und R.

http://qiita.com/ynakayama/items/f84dc659f1337d71dd9e

PypeR

http://www.webarray.org/softwares/PypeR/

R vs Python: Datenanalyse vergleichen

http://postd.cc/r-vs-python-head-to-head-data-analysis/

semPlot Examples | - Sacha Epskamp

http://sachaepskamp.com/semPlot/examples