** Die folgenden Informationen sind veraltet. Die neuesten Informationen finden Sie unter hier. ** **.

Wie installiert man

__Hinweis: E-Cell 4 befindet sich derzeit in der Entwicklung. Bitte beachten Sie, dass es wahrscheinlich ein menschliches Säulenelement enthält. __

--Repository: https://github.com/ecell/ecell4

Offizielle Dokumentation: http://ecell4.readthedocs.org/en/latest/

Die Installation von Jupyter [Notebook], Numpy, Matplotlib usw. ist wirklich optional, aber definitiv besser zu verwenden.

Für Windows

Installieren Sie ** 32-Bit-Version ** Miniconda für Windows von http://conda.pydata.org/miniconda.html [^ 1 ].

[^ 1]: Wenn Sie über genügend Speicherplatz verfügen, können Sie Zeit sparen, indem Sie Anaconda mit der gesamten Kapazität verwenden. Https://www.continuum.io/downloads

Starten Sie die Eingabeaufforderung cmd und installieren Sie andere abhängige Python-Bibliotheken [^ 2].

conda update pip conda install hdf5 jupyter matplotlib


 [^ 2]: Für Anaconda nicht erforderlich.

 3. Fahren Sie mit der Installation von E-Cell fort. 4. Führen Sie für Python 3 den unteren Teil aus.

    ```
pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0/ecell-4.0.0-cp27-none-win32.whl
# pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0/ecell-4.0.0-cp35-none-win32.whl

Wenn Sie die Videoanzeigefunktion verwenden möchten, installieren Sie FFmpeg unter http://ffmpeg.zeranoe.com/builds/ und unter dem Pfad "PATH" Durchlassen.

Für Mac

Unter Mac OS X kann E-Cell 4 selbst mit Homebrew installiert werden.

brew tap ecell/ecell4
brew install ecell4

Installieren Sie gsl mit Homebrew

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
brew install gsl

Vorbereiten der Python-Umgebung

Da Python, Numpy und Matplotlib bereits enthalten sind, installieren Sie IPython Notebook mit pip.

curl -O https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
sudo python get-pip.py
sudo pip install "ipython[notebook]"

Installation von E-Cell 4

Installieren Sie als Nächstes E-Cell 4. Für Yosemite (10.10),

sudo pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0-beta2/ecell4-4.0.0b2-cp27-none-macosx_10_10_intel.whl

Für Mavericks (10.9)

sudo pip install https://github.com/ecell/ecell4/releases/download/4.0.0-beta2/ecell4-4.0.0b2-cp27-none-macosx_10_9_intel.whl

Kann mit installiert werden.

Wie benutzt man

Wenn Sie IPython Notebook installiert haben, starten Sie es wie folgt: Der Browser wird gestartet und Sie sollten zur Hauptseite von IPython Notebook weitergeleitet werden. Bitte beachten Sie, dass bei Verwendung von IE oder Safari Probleme auftreten können. Bitte.

ipython notebook

Nachdem Sie ein neues Notizbuch erstellt und in der ersten Zeile ``% matplotlib inline``` ausgeführt haben, können Sie den folgenden Code ausführen, um die Simulationsergebnisse als Grafik anzuzeigen.

`test1.py`


%matplotlib inline
import numpy
from ecell4 import *

with reaction_rules():
    A + B == C | (0.01, 0.3) #Reversible Reaktion

run_simulation(10, {'A': 60, 'B': 60})

Das Ergebnis sollte folgendermaßen aussehen: