[PYTHON] Erstellen Sie mit ClustalW2 einen phylogenetischen Baum aus Biopyton
Ein Hinweis für mich, wie man mit ClustalW2 einen phylogenetischen Baum aus Biopyton erstellt. Der größte Teil des Inhalts wird jedoch nur aus dem, was in Biopython Tutorial and Cookbook geschrieben ist, ins Japanische übersetzt.
Installieren Sie ClustalW2
Zuerst [Download] ClustalW2 (http://www.clustal.org/clustal2/). Hängen Sie für Mac .dmg ein und legen Sie die erhaltene bin-Datei unter / bin ab.
Bereiten Sie den Stamm vor, für den Sie einen phylogenetischen Baum erstellen möchten
Bereiten Sie als nächstes die Daten des Stammes vor, der Clustal W2 verwendet. Diesmal [Metallydium](https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%AA%E3%82%B8%E3%82%A6%E3 Ein phylogenetischer Baum von% 83% A0) (Metarhizium) wird basierend auf dem Ribosomen-Biogenese-Protein YTM1 erstellt. Die Datei wurde von UniProt heruntergeladen. Die verwendeten Stämme sind wie folgt.
- Metarhizium acridum (strain CQMa 102)
- Metarhizium anisopliae BRIP 53293
- Metarhizium guizhouense ARSEF 977
- Metarhizium album ARSEF 1941
- Metarhizium robertsii
- Metarhizium rileyi RCEF 4871
Laden Sie es nach dem Hinzufügen zum Warenkorb im FASTA-Format herunter. Dieses Mal habe ich es als uniprot-yourlist.fasta gespeichert.
Führen Sie Clustal W2 auf Biopython aus
Wenden Sie ClustalW2 von Biopython auf die vorbereiteten Bestandsdaten an.
from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="uniprot-yourlist.fasta")
stdout, stderr = clustalw_cline()
Anschließend werden zwei Dateien generiert, uniprot-yourlist.aln und uniprot-yourlist.dnd. Verwenden Sie daher das Phylo-Modul von Biopython, um die dnd-Datei zu lesen und einen phylogenetischen Baum zu zeichnen.
from Bio import Phylo
tree = Phylo.read("uniprot-yourlist.dnd", "newick")
Phylo.draw(tree)
Wenn Sie die Funktion draw_ascii anstelle der Funktion draw verwenden, wird der phylogenetische Baum als ASCII-Grafik ausgegeben.
_ tr|E9E7T1|E9E7T1_METAQ
|
| , tr|A0A0D9P3B0|A0A0D9P3B0_METAN
|,|
_||| tr|A0A0A1USL4|A0A0A1USL4_9HYPO
||
|| tr|A0A0B4H3C6|A0A0B4H3C6_9HYPO
|
| ______________________________________ tr|A0A0B2X7N3|A0A0B2X7N3_9HYPO
|_____|
|______________ tr|A0A167BRY5|A0A167BRY5_9HYPO
Exited with code=0 in 1.1
Verweise
http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski, Michiel J. L. de Hoon: “Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics”. Bioinformatics 25 (11), 1422–1423 (2009). doi:10.1093/bioinformatics/btp163,
Eric Talevich, Brandon M. Invergo, Peter J.A. Cock, Brad A. Chapman: “Bio.Phylo: A unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython”. BMC Bioinformatics 13: 209 (2012). doi:10.1186/1471-2105-13-209