Ich musste die Verbindung mit mehr als 1 Million Einträgen in mehrere Dateien aufteilen, also habe ich sie nachgeschlagen.
Zuerst habe ich mir openbabel etc. angesehen. http://openbabel.org/wiki/--splitinto Soweit ich sehen kann, scheint diese Funktion ab openbabel 2.3.0 nicht implementiert worden zu sein, und 2.3.1 war ebenfalls nutzlos.
Also habe ich meinen eigenen Code gemacht. Bewegen Sie sich vorerst! Die Seele wird offenbart! https://github.com/keisuke-yanagisawa/python-tools/blob/master/split_mol2.py
python split_mol2.py hoge.mol2 #Standard für jeweils 10000 Verbindungen
python split_mol2.py -n 100 hoge.mol2 #Geteilt alle 100 Verbindungen
Sie können es so verwenden.
Eine -v Option ist ebenfalls verfügbar, damit Sie sehen können, welchen Namen die Datei ausgibt.
2016.04.17 Es unterstützt auch SDF-Dateien. (Die Art der Ausführung hat sich nicht geändert https://github.com/keisuke-yanagisawa/python-tools/blob/master/split_sdf.py
python split_sdf.py hoge.sdf #Standard für jeweils 10000 Verbindungen
python split_sdf.py -n 100 hoge.sdf #Geteilt alle 100 Verbindungen
python split_sdf.py -v hoge.sdf #Sie können sehen, wie der Name der Datei ausgegeben wurde
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