[PYTHON] Quel est votre "coefficient de Tanimoto"?

Un indice bien connu pour parler de la similitude des composés est le "coefficient de Tanimoto". Cependant, il y a pas mal de gens qui disent seulement "coefficient de Tanimoto", et il y a pas mal d'occasions de s'inquiéter sur "N'est-ce pas assez pour expliquer?"

Par exemple, utilisez l'ensemble composé suivant

Le nombre de composés est de 10.

smiles = [
    'C1=CC=C2C3CC(CNC3)CN2C1=O',
    'CN1c2c(C(N(C)C1=O)=O)[nH0](CC(CO)O)c[nH0]2',
    'CN1C2CC(CC1C1C2O1)OC(C(c1ccccc1)CO)=O',
    'CN1C2CC(CC1C1C2O1)OC(C(c1cccnc1)CO)=O', #Similaire au composé ci-dessus
    'CN(C=1C(=O)N(c2ccccc2)N(C1C)C)C',
    'CN(C=1C(=O)N(C2CCCCC2)N(C1C)C)C', #Similaire au composé ci-dessus
    'OCC1C(C(C(C(OCC2C(C(C(C(OC(c3ccccc3)C#N)O2)O)O)O)O1)O)O)O',
    'OCc1ccccc1OC1C(C(C(C(CO)O1)O)O)O',
    'OCc1cc(N)ccc1OC1C(C(C(C(CO)O1)O)O)O', #Similaire au composé ci-dessus
    '[nH0]1c(OC)c2c([nH0]cc[nH0]2)[nH0]c1',
]

Générer des composés avec RDKit à partir de la notation SMILES

from rdkit import Chem

mols = [Chem.MolFromSmiles(smile) for smile in smiles]

Générer (un type) d'empreinte digitale Morgan

from rdkit.Chem import AllChem

fps = [AllChem.GetMorganFingerprint(mol, 3, useFeatures=True) for mol in mols]

Calculer le coefficient de Tanimoto

from rdkit import DataStructs

sim_matrix = [DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fp, fps) for fp in fps]

Distribution du coefficient de Tanimoto

En faisant cela, vous pouvez voir la distribution du coefficient de Tanimoto. Il semble que celui avec un coefficient de Tanimoto = 1 soit la même molécule, mais il existe d'autres paires moléculaires avec un coefficient de Tanimoto plus élevé. Découvrez (ou imaginez) ce que c'est

%matplotlib inline
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

plt.hist(np.array(sim_matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

Et il y a diverses choses dans l'empreinte digitale de Morgan

L'empreinte digitale Morgan a également divers paramètres, et leur modification change également la valeur du coefficient de Tanimoto.

fps = [AllChem.GetMorganFingerprint(mol, 2, useFeatures=True) for mol in mols]
sim_matrix = [DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fp, fps) for fp in fps]
plt.hist(np.array(sim_matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

fps = [AllChem.GetMorganFingerprint(mol, 1, useFeatures=True) for mol in mols]
sim_matrix = [DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fp, fps) for fp in fps]
plt.hist(np.array(sim_matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

fps = [AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 3, 1024) for mol in mols]
sim_matrix = [DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fp, fps) for fp in fps]
plt.hist(np.array(sim_matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

fps = [AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 3, 2048) for mol in mols]
sim_matrix = [DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fp, fps) for fp in fps]
plt.hist(np.array(sim_matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

Et il y a d'autres empreintes digitales

Il n'y en a que deux car il est difficile de tout calculer. L'une des choses importantes est que dans les résultats de calcul ci-dessous, il y a 10 cas ou plus avec un coefficient de Tanimoto de 1,0. En d'autres termes, sachez que le coefficient de Tanimoto peut être de 1,0 même s'il ne s'agit pas de la même molécule.

fps = [AllChem.GetMACCSKeysFingerprint(mol) for mol in mols]
sim_matrix = [DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fp, fps) for fp in fps]
plt.hist(np.array(sim_matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

fps = [Chem.RDKFingerprint(mol) for mol in mols]
sim_matrix = [DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fp, fps) for fp in fps]
plt.hist(np.array(sim_matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

Vous pouvez également définir le coefficient de Tanimoto à l'aide de MCS.

from rdkit.Chem import rdFMCS

matrix = []
for mol1 in mols:
    for mol2 in mols:
        mcs = rdFMCS.FindMCS([mol1, mol2])
        a1 = len(mol1.GetAtoms())
        a2 = len(mol2.GetAtoms())
        matrix.append(mcs.numAtoms / (a1 + a2 - mcs.numAtoms) )

plt.hist(np.array(matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

MCS propose également diverses options

from rdkit.Chem import rdFMCS

matrix = []
for mol1 in mols:
    for mol2 in mols:
        mcs = rdFMCS.FindMCS([mol1, mol2], atomCompare=rdFMCS.AtomCompare.CompareAny)
        a1 = len(mol1.GetAtoms())
        a2 = len(mol2.GetAtoms())
        matrix.append(mcs.numAtoms / (a1 + a2 - mcs.numAtoms) )

plt.hist(np.array(matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

from rdkit.Chem import rdFMCS

matrix = []
for mol1 in mols:
    for mol2 in mols:
        mcs = rdFMCS.FindMCS([mol1, mol2])
        a1 = len(mol1.GetBonds())
        a2 = len(mol2.GetBonds())
        matrix.append(mcs.numBonds / (a1 + a2 - mcs.numBonds) )

plt.hist(np.array(matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

from rdkit.Chem import rdFMCS

matrix = []
for mol1 in mols:
    for mol2 in mols:
        mcs = rdFMCS.FindMCS([mol1, mol2], bondCompare=rdFMCS.BondCompare.CompareOrderExact)
        a1 = len(mol1.GetBonds())
        a2 = len(mol2.GetBonds())
        matrix.append(mcs.numBonds / (a1 + a2 - mcs.numBonds) )

plt.hist(np.array(matrix).flatten(), bins=20)
plt.grid()
plt.show()

Alors, quel est votre "coefficient de Tanimoto"?