Je vais le laisser comme un mémorandum Un script qui extrait uniquement le tableau complet prédit par Transdocode du fichier de résultats Trinity.
compgene_finder.sh
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
import sys
from Bio import SeqIO
import csv
fasta_in = sys.argv[1] #Spécifiez le fichier fasta comme premier argument.
for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Ouvrez Fasta File Parse à l'aide de SeqIO(Lire un élément à la fois)
id_part = record.id #Lire la partie ID de fasta
desc_part = record.description #Lire la partie ID de fasta
seq = record.seq #Lire la partie tableau de fastan
if 'type:complete' in desc_part:
fasta_seq = '>' + desc_part + '\n' + seq #Organiser au format fasta
print(fasta_seq) #Sortie fasta vers sortie standard
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