Astuces: [Python] Calculez la valeur moyenne de la zone spécifiée avec bedgraph

Supposons que le fichier bedgraph suivant soit lu et que certains traitements ne soient effectués que dans la zone spécifiée.

example.bedgraph

chr1	10084	10104	2
chr1	10104	10124	4
chr1	10124	10164	6
chr1	10164	10184	11
chr1	10184	10204	14
chr1	10204	10224	16
chr1	10224	10244	14
chr1	10244	10264	15
chr1	10264	10284	14
chr1	10284	10304	17

Par exemple, pour calculer la valeur moyenne dans la zone, le script suivant est appliqué.

averageBedgraph.py (version corrigée)

#!/usr/local/bin/python3
# -*- coding: utf-8 -*-

"""
Calculez la valeur moyenne de la zone spécifiée à partir du fichier Bedgraph.
"""
__version__ = "1.00"
__date__ = "7 Jun 2017"

import sys

def averageBedgraph(filename, chromosome, start, end):
    """
    @function   averageBedgraph();
Calculez la valeur moyenne de la zone spécifiée à partir du fichier Bedgraph.
    @param  {string} filename :Nom du fichier d'entrée
    @param  {string} chromosome :Numéro de chromosome
    @param  {int}    start :Position de départ
    @param  {int}    end :Position finale
    """

    total = 0
    with open(filename) as lines:
        for line in lines:
            c, s, e, v = line.split()
            if c != chromosome:
                continue
            s, e, v = int(s), int(e), int(v)
            if s <= start and end <= e:
                total += (end - start) * v
            elif s <= start < e:
                total += (e - start) * v
            elif start < s and e <= end:
                total += (e - s) * v
            elif s < end <= e:
                total += (end - s) * v
            elif end < s:
                break
    print('average : %s' % (total / (end - start)))
    print('done')

if __name__ == '__main__':
    argvs = sys.argv
    argc = len(argvs)

    if (argc != 5):   # Checking input
        print("USAGE : python3 averageBedgraph.py <INPUT_FILE> <CHROMOSOME> <START> <END>")
        quit()

    averageBedgraph(str(argvs[1]),str(argvs[2]),int(argvs[3]),int(argvs[4]))
quit()

Exemple d'exécution

Calculer la valeur moyenne de la zone spécifiée de la litière

$ python3 averageBedgraph.py example.bedgraph chr1 10150 10250

Sortie standard

average : 12.74
done

C'est une méthode boueuse qui n'a pas besoin d'être mentionnée, mais si vous ne voulez pas l'assembler, veuillez l'utiliser.

Aussi, si vous avez un outil qui est bon pour le traitement tel que le bedgraph, je vous serais reconnaissant si vous pouviez m'apprendre. Il ne sert à rien de réinventer les roues ... Je vous remercie.

c'est tout. Merci beaucoup.

2017/06/09 postscript Le code qui a été publié a été corrigé. Nous tenons à exprimer notre profonde gratitude à shiracamus pour avoir apporté la correction.