#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

#fasta_Modifiez les informations d'annotation avec l'élément id comme clé

import sys
from Bio import SeqIO
import csv


fasta_in = sys.argv[1]                            #Dans le premier argument, spécifiez le fichier fasta que vous souhaitez modifier.
changer_in = sys.argv[2]                          #KeyID délimité par des tabulations dans le deuxième argument\t Spécifiez le fichier qui décrit l'annotation

for q in open(changer_in, "r"):                     #Ouvrez le fichier d'informations d'annotation
    change = q.split('\t')        #Mettre dans la liste des changements séparés par des tabulations
    for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Ouvrez Fasta File Parse à l'aide de SeqIO(Lire un élément à la fois)
        id_part = record.id                       #Lire la partie ID de fasta
        seq = record.seq                          #Lire la partie tableau de fastan
        if id_part == change[0]:            #Si la partie id du fichier fasta et la partie id de l'élément de changeur correspondent. ..
                fasta_seq = '>' + id_part + ' '+ change[1] + '\n' + seq + '\n'     #Organiser au format fasta
                print(fasta_seq)                  #Sortie fasta vers sortie standard

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