[PYTHON] Entfernen oder Abrufen von Arrays aus Fasta gemäß der ID-Listendatei

Nachtrag: 29.06.2018

Sie können das gleiche mit seqkit grep tun

https://github.com/shenwei356/seqkit

Sequenzen aus fasta extrahieren und löschen

Löschen Sie das Array mit der ID-Listendatei oder extrahieren Sie nur dieses Array.

fasta_extract.py

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

#fasta_Setzen Sie das ID-Element auf key und senden Sie das Hit-Array an die Standardausgabe

import sys
from Bio import SeqIO


fasta_in = sys.argv[1]                            #Geben Sie im ersten Argument die Fasta-Datei an, die Sie ändern möchten.
query = sys.argv[2]                          #Geben Sie im zweiten Argument die Datei an, die die keyID für jede Zeile beschreibt


for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Öffnen Sie die Fasta-Datei Parse mit SeqIO(Lesen Sie jeweils einen Artikel.
    id_part = record.id                       #Lesen Sie den ID-Teil von fasta
    m_part = id_part.rstrip()        #chomp und m_Teilweise setzen
    description_part = record.description
    seq = record.seq                          #Lesen Sie den Array-Teil von Fastan
    for q in open(query, "r"):                     #Öffnen Sie die Anmerkungsinformationsdatei
        if m_part == q.rstrip():            #Wenn der ID-Teil der Fasta-Datei und der ID-Teil des Wechslerelements übereinstimmen. ..
            fasta_seq = '>' + description_part + '\n' + seq      #Im Fasta-Format anordnen
            print(fasta_seq)                  #Ausgabe fasta auf Standardausgabe

fasta_remove.py

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

#fasta_Setzen Sie das ID-Element auf den Schlüssel und geben Sie das Array aus, das nicht in der Standardausgabe getroffen wurde

import sys
from Bio import SeqIO


fasta_in = sys.argv[1]                            #Geben Sie im ersten Argument die Fasta-Datei an, die Sie ändern möchten.
query = sys.argv[2]                          #Geben Sie im zweiten Argument die Datei an, die die keyID für jede Zeile beschreibt
hit = 0

for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Öffnen Sie die Fasta-Datei Parse mit SeqIO(Lesen Sie jeweils einen Artikel.
    id_part = record.id                       #Lesen Sie den ID-Teil von fasta
    m_part = id_part.rstrip()        #chomp und m_Teilweise setzen
    description_part = record.description
    seq = record.seq                          #Lesen Sie den Array-Teil von Fastan
    for q in open(query, "r"):                     #Öffnen Sie die Anmerkungsinformationsdatei
        if m_part == q.rstrip():            #Wenn der ID-Teil der Fasta-Datei und der ID-Teil des Wechslerelements übereinstimmen. ..
            hit += 1
    if hit == 0:
        fasta_seq = '>' + description_part + '\n' + seq      #Im Fasta-Format anordnen
        print(fasta_seq)                  #Ausgabe fasta auf Standardausgabe
    hit = 0

fasta_extract_cont.py

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

#fasta_Setzen Sie das ID-Element auf key und senden Sie das Hit-Array an die Standardausgabe(Version entsprechend Teilübereinstimmung)

import sys
from Bio import SeqIO


fasta_in = sys.argv[1]                            #Geben Sie im ersten Argument die Fasta-Datei an, die Sie ändern möchten.
query = sys.argv[2]                          #Geben Sie im zweiten Argument die Datei an, die die keyID für jede Zeile beschreibt


for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Öffnen Sie die Fasta-Datei Parse mit SeqIO(Lesen Sie jeweils einen Artikel.
    id_part = record.id                       #Lesen Sie den ID-Teil von fasta
    m_part = id_part.rstrip()        #chomp und m_Teilweise setzen
    description_part = record.description
    seq = record.seq                          #Lesen Sie den Array-Teil von Fastan
    for q in open(query, "r"):                     #Öffnen Sie die Anmerkungsinformationsdatei
        if q.rstrip() in m_part:            #Einschließen oder suchen
            fasta_seq = '>' + description_part + '\n' + seq      #Im Fasta-Format anordnen
            print(fasta_seq)                  #Ausgabe fasta auf Standardausgabe

fasta_remove_cont.py

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

#fasta_Setzen Sie das ID-Element auf key und senden Sie das Hit-Array an die Standardausgabe(Version entsprechend Teilübereinstimmung)

import sys
from Bio import SeqIO


fasta_in = sys.argv[1]                            #Geben Sie im ersten Argument die Fasta-Datei an, die Sie ändern möchten.
query = sys.argv[2]                          #Geben Sie im zweiten Argument die Datei an, die die keyID für jede Zeile beschreibt
hit = 0


for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Öffnen Sie die Fasta-Datei Parse mit SeqIO(Lesen Sie jeweils einen Artikel.
    id_part = record.id                       #Lesen Sie den ID-Teil von fasta
    m_part = id_part.rstrip()        #chomp und m_Teilweise setzen
    description_part = record.description
    seq = record.seq                          #Lesen Sie den Array-Teil von Fastan
    for q in open(query, "r"):                     #Öffnen Sie die Anmerkungsinformationsdatei
        if q.rstrip() in m_part:            #Einschließen oder suchen
            hit += 1
    if hit == 0:
        fasta_seq = '>' + description_part + '\n' + seq      #Im Fasta-Format anordnen
        print(fasta_seq)                  #Ausgabe fasta auf Standardausgabe
    hit = 0

Wenn der Beschreibungsteil durchsucht wird

fasta_remove_V3.py

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
import sys
from Bio import SeqIO


fasta_in = sys.argv[1]                            #Geben Sie im ersten Argument die Fasta-Datei an, die Sie ändern möchten.
query = sys.argv[2]                          #Geben Sie im zweiten Argument die Datei an, die das Suchschlüsselwort für jede Zeile beschreibt
hit = 0

for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Öffnen Sie die Fasta-Datei Parse mit SeqIO(Lesen Sie jeweils einen Artikel.
    id_part = record.description                       #Lesen Sie den Beschreibungsteil von fasta
    m_part = id_part.rstrip()        #chomp und m_Teilweise setzen
    description_part = record.description
    seq = record.seq                          #Lesen Sie den Array-Teil von Fastan
    for q in open(query, "r"):                     #Öffnen Sie die Anmerkungsinformationsdatei
        if  q.rstrip() in m_part:            #Wenn der ID-Teil der Fasta-Datei und der ID-Teil des Wechslerelements übereinstimmen. ..
            hit += 1
    if hit == 0:
        fasta_seq = '>' + description_part + '\n' + seq      #Im Fasta-Format anordnen
        print(fasta_seq)                  #Ausgabe fasta auf Standardausgabe
    hit = 0