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Quand j'ai essayé d'exécuter Seurat sous Linux, j'ai eu du mal à l'installer, alors notez OS : Linux mint 19.3 Tricia

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Comme vous pouvez le voir, j'essaye ```install.packages ("Seurat") `, mais je ne peux pas installer les paquets de dépendances. Après quelques recherches, il semble que la version de R qui peut être installée avec sudo apt install r-base` '' est aussi ancienne que la 3.4, et certains paquets ne sont pas pris en charge. Vous devez ajouter le référentiel et la clé publique pour obtenir la nouvelle version.

#Désinstaller R une fois
$ sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
$ sudo apt autoremove
$ sudo apt update

#Ajouter une clé publique et un référentiel
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
$ sudo add-apt-repository https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

Lorsqu'il est ajouté avec ceci, le https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35 / ajouté devient https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu main pour une raison quelconque. Puisqu'il a été supprimé, changez-le de [Paramètres système] → [Source du logiciel] par le bon. *

Et réinstallez R

$ sudo apt update
$ sudo apt install r-base

Vous avez maintenant installé R 3.6.

Maintenant, quand j'essaye à nouveau install.packages ("Seurat") ``, il se bloque à nouveau. Il semble n'y avoir aucune option pour la commande `` ld ''. Insérez-le depuis le terminal. Openssl``` n'était pas inclus, je vais donc l'inclure ensemble.

$ sudo apt install liblapack-dev　liblapack3　libopenblas-base　libopenblas-dev gfortran libssl-dev

Même cela reste bloqué. Saisissez `` multtest '' depuis BioManager.

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("multtest")

Vous pouvez maintenant installer Seurat par ```install.packages ("Seurat") `` `.

Seurat sous Linux (installation)

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