[PYTHON] Résolution du problème selon lequel l'image n'était pas affichée dans ROMol lors du chargement avec PandasTools.LoadSDF.

--jupyter-J'utilise un ordinateur portable

• J'ai réussi à me débarrasser de l'image non affichée dans ROMol lors du chargement de données SDF contenant plusieurs composés avec RDKit avec PandasTools.LoadSDF. ――Mon environnement est le suivant
  • MacOSX 10.15.2 Catalina
• L'environnement RDKit a été construit avec Anaconda en se référant à ce qui suit.
• Comment installer - RDKit_unofficial_translation_JP 1.00 Document --Utilisation de Python 3.7.5 depuis anaconda 3-5.3.1
  • rdkit version: 2019.09.2
  • pandas version: 0.25.3

Je pratiquais RDKit en référence au site suivant

Introduction à ChemoInformatics avec RDKit | Nouvelle forme de chimie

Lorsque je lis le fichier SDF au format DataFrame des pandas à Lecture de plusieurs molécules et que je l'affiche, l'image est affichée à ROMol. Au lieu de cela, c'était une colonne comme <img data-content =" rdkit / molecule "src =" data: i ... ) (image ci-dessous)

Selon le problème ci-dessous, il semble que cela se produise avec les versions supérieures à pandas 0.25.0

Mol rendering within DataFrames in a Jupyter Notebook is broken with Pandas 0.25.1 · Issue #2673 · rdkit/rdkit

Bien sûr, dans mon cas, la version des pandas était de 0.25.3

import pandas as pd
print('pandas version: ', pd.__version__)
#=> pandas version:  0.25.3

La solution était de revenir à la version de pandas en 0.25.0, C'était ennuyeux alors j'ai cherché une autre façon

Certaines parties sont plus pratiques à afficher sous forme d'images, donc si vous suivez le problème ou si vous le recherchez J'étais censé utiliser une bibliothèque HTML

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2673#issuecomment-570898398

Molecules not rendered in Pandas DF in Jupyter Lab · Issue #2825 · rdkit/rdkit

Je l'ai essayé comme suit (en supposant que le fichier sdf a été téléchargé et que la bibliothèque a été importée)

df = PandasTools.LoadSDF('./sdf/somesdffile.sdf')

from IPython.display import HTML
HTML(df.to_html())

Succès si l'image sort correctement

Pour le moment, quand il est plus facile de comprendre s'il y a une image, elle sortira correctement si vous faites cela