Automatisez les tâches en manipulant des fichiers en Python

Lors de la simulation d'un ordinateur en changeant peu à peu les paramètres, j'avais l'habitude de manipuler manuellement un fichier à chaque fois, mais à mesure que le nombre de données requises augmente (environ 200), cela devient difficile. J'ai donc écrit un script simple pour l'automatiser dans une certaine mesure.

Aperçu

Je le faisais manuellement -Créer un répertoire pour chaque valeur de paramètre -Créer un fichier d'entrée et un fichier de commande de travail dans le répertoire -Editer les paramètres du fichier d'entrée avec un éditeur ・ Soumission d'emploi Je vais utiliser la commande avec python pour qu'elle puisse être exécutée.

Cette fois, le progiciel de calcul des premiers principes est utilisé pour calculer l'énergie d'interaction obtenue à partir de la distance interatomique du graphite.

Bibliothèques requises

import os
import re
from time import sleep

```Osest utilisé pour les opérations de commande de terminal, reest utilisé pour les expressions régulières et sleep`` est utilisé pour espacer les soumissions de travaux.

Réglage de la plage de paramètres

Créez 200 éléments de données avec des distances interatomiques allant de 3,01 Å '' à 5,00 Å ''.

begin = 3.01
end = 5.00
step = 0.01

Lecture des fichiers d'entrée et des fichiers de travail

Créez au préalable le fichier d'entrée et le fichier source du fichier de travail dans le répertoire `` data '' et lisez ces fichiers.

#Attribuer le chemin à la variable
input_path = 'data/input_seed'
job_path = 'data/qsub_seed'

#Ouvrez le fichier et lisez-le sous forme de texte
with open(input_path) as f:
  input_file = f.read()
  
with open(job_path) as f:
  job_file = f.read()

Courir

Comme le paramètre n'est pas un entier et que la fonction range '' ne peut pas être utilisée, une nouvelle fonction drange '' est définie.

#définition de fonction drange
def drange(begin, end, step):
    n = begin
    while n < end:
     yield n
     n += step
     
for r in drange(begin,end,step):
  #Å=>Convertir en bohr
  ang = ('{:.8f}'.format(r*2/0.529177))

  #Créer un répertoire, spécifier le chemin du fichier
  os.system('mkdir %s' % r)
  input_name = ('%s/nfinp' % r)
  job_name = ('%s/run.sh' % r)
  
  #Remplacer la distance par une expression régulière
  distance = str(ang)
  input_mod = re.sub('distance',distance,input_file)
   
  #Créer un fichier dans le répertoire
  with open(input_name, mode='w') as f:
    f.write(input_mod)
  
  with open(job_name, mode='w') as f:
    f.write(job_file)

  #Entrez dans le répertoire et soumettez un travail
  current_dir = os.getcwd()
  os.chdir(current_dir + ('/%s' % r))
  os.system('qsub run.sh')
  os.chdir(current_dir)
  sleep(1)

Contenu du fichier d'entrée

Le contenu du fichier d'entrée d'origine ressemble à ceci. La distance interatomique (`` distance '') est utilisée comme variable, et ** remplacée par une expression régulière **. Honnêtement, je ne comprends pas les autres parties lol

data/input_seed

0 0 0 0 0 0                    : graphite
6.00 20.00 1 4 4               : GMAX, GMAXP, NTYP, NATM, NATM2
1 0                            : num_space_group, type of bravis lattice
4.655149797 4.655149797 distance 90.0 90.0 60.0 : a,b,c,alpha,beta,gamma
24 24 2 1 1 1                  : knx,kny,knz, k-point shift
0 0                            : NCORD, NINV
 0.000000000000  0.000000000000  0.250000000000 1 1 1
 0.333333333333  0.333333333333  0.250000000000 1 1 1
 0.000000000000  0.000000000000 -0.250000000000 1 1 1
-0.333333333333 -0.333333333333 -0.250000000000 1 1 1
6 0.1500 1.00794 3 1 0.d0      : TYPE 1IATOMN,ALFA,AMION,ILOC,IVAN
0 0 0 0 0                      : ICOND 0-MD, 1-CONT.MD, 2-WAVE FN,, 3-WAVE FN CONT., iconstpw
0 1                            : IPRE, IPRI
200 1000 0 57200.00 0         : NMD1, NMD2, iter_last, CPUMAX,ifstop
6 1                            : Simple=1,Broyd2=3,Blugel=6, 1:charge, 2:potential mix.
0 30 0.5                       : starting mixing, kbxmix,alpha
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00       : DTIM1, DTIM2, DTIM3, DTIM4, dtim_last
100.00 2 1 0.10D-08 1.d-06     : DTIO ,IMDALG, IEXPL, EDELTA
-0.0010 1.00D+03 0             : WIDTH,FORCCR,ISTRESS
rev-vdw-df2 1                       : XCTYPE, nspin
1.00 3                         : destm, n_stm
101                            : NBZTYP 0-SF, 1-BK, 2-SC, 3-BCC, 4-FCC, 5-DIA, 6-HEX
0 0 0                          : NKX, NKY, NKZ
0 0 0                          : NKX2,NKY2,NKZ2
12                             : NEG
1                              : NEXTST(MB)
0                              : 0; random numbers, 1; matrix diagon
2 0 0 0(MB)                    : imsd, i_2lm, i_sd2another, wksz for phase
0                              : evaluation of eko difference.0 = no ,1 = yes
0                              : npdosao
0 0.0                          : SM_N, dopping

Ce que je veux faire ensuite

Ce serait bien si nous pouvions générer les parties nécessaires du fichier de sortie sous forme de base de données et même dessiner un graphique.