Il semble que le côté Flask est défini par default_handler du journal de Flask, vous pouvez donc le partager
my_module.py
from logging import getLogger
logger = getLogger(__name__)
app.py
from logging import DEBUG
from flask.logging import default_handler
import my_module
my_module.logger.setLevel(DEBUG)
my_module.logger.addHandler(default_handler)
app = Flask(__name__)
Ref Logging — Flask Documentation (1.0.x) Logging HOWTO — Python 3.8.1rc1 documentation
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