[PYTHON] Créer un arbre phylogénétique à partir de Biopyton en utilisant ClustalW2

Une note pour moi sur la façon de créer un arbre phylogénétique à partir de Biopyton en utilisant ClustalW2. Cependant, la plupart du contenu est simplement traduit en japonais à partir de ce qui est écrit dans Tutoriel et livre de recettes Biopython.

Installez ClustalW2

Tout d'abord, [Télécharger] ClustalW2 (http://www.clustal.org/clustal2/). Pour Mac, montez .dmg et placez le fichier bin obtenu sous / bin.

Préparez la souche pour laquelle vous souhaitez créer un arbre phylogénétique

Ensuite, préparez les données de la souche qui utilise Clustal W2. Cette fois [Metallydium](https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A1%E3%82%BF%E3%83%AA%E3%82%B8%E3%82%A6%E3 Un arbre phylogénétique de% 83% A0) (Metarhizium) est créé à partir de la protéine de biogenèse des ribosomes YTM1. Le fichier a été téléchargé depuis UniProt. Les souches utilisées sont les suivantes.

• Metarhizium acridum (strain CQMa 102)
• Metarhizium anisopliae BRIP 53293
• Metarhizium guizhouense ARSEF 977
• Metarhizium album ARSEF 1941
• Metarhizium robertsii
• Metarhizium rileyi RCEF 4871

Après avoir ajouté au panier, téléchargez au format FASTA. Cette fois, je l'ai enregistré sous le nom uniprot-yourlist.fasta.

Exécutez Clustal W2 sur Biopython

Appliquez ClustalW2 de Biopython aux données de stock préparées.

from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline

clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="uniprot-yourlist.fasta")
stdout, stderr = clustalw_cline()

Ensuite, deux fichiers, uniprot-yourlist.aln et uniprot-yourlist.dnd, sont générés. Par conséquent, utilisez le module Phylo de Biopython pour lire le fichier dnd et dessiner un arbre phylogénétique.

from Bio import Phylo

tree = Phylo.read("uniprot-yourlist.dnd", "newick")
Phylo.draw(tree)

Si vous utilisez la fonction draw_ascii au lieu de la fonction draw, l'arbre phylogénétique sera généré en tant qu'art ASCII.

  _ tr|E9E7T1|E9E7T1_METAQ
 |
 | , tr|A0A0D9P3B0|A0A0D9P3B0_METAN
 |,|
_||| tr|A0A0A1USL4|A0A0A1USL4_9HYPO
 ||
 || tr|A0A0B4H3C6|A0A0B4H3C6_9HYPO
 |
 |      ______________________________________ tr|A0A0B2X7N3|A0A0B2X7N3_9HYPO
 |_____|
       |______________ tr|A0A167BRY5|A0A167BRY5_9HYPO

Exited with code=0 in 1.1

Les références

http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski, Michiel J. L. de Hoon: “Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics”. Bioinformatics 25 (11), 1422–1423 (2009). doi:10.1093/bioinformatics/btp163,

Eric Talevich, Brandon M. Invergo, Peter J.A. Cock, Brad A. Chapman: “Bio.Phylo: A unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython”. BMC Bioinformatics 13: 209 (2012). doi:10.1186/1471-2105-13-209