[LINUX] Obtenez les données de comptage OTU (microorganismes) sous forme de fichier texte à l'aide de QIIME2
Dans l'analyse utilisant le pipeline d'analyse microbienne "QIIME2", dans Official Tutorial, les données de comptage du niveau de porte et de genre du fichier fastq Peut être obtenu, mais il n'y a pas de description sur la façon d'obtenir les données de comptage OTU.
Cependant, au cours des dernières années, une analyse au niveau de l'OTU a été activement menée, et je pense que c'est nécessaire, alors j'ai enquêté.
[Logiciel utilisé (OS)] VirtualBox QIIME2 2019.10 (pour VirtualBox) Pour plus d'informations → Installation de QIIME2
(Puisque Docker est populaire, il est possible de passer de VirtalBox à Docker à l'avenir ...)
Obtenez des exemples de données
En tant que condition préalable, table.qza est supposé avoir selon les tutoriels officiels (https://docs.qiime2.org/2020.6/tutorials/moving-pictures/).
Veuillez obtenir les exemples de données à partir du lien ci-dessous. download table.qza
Exporter les données OTU
Sortie dans un fichier au format .biom. Un fichier appelé "feature-table.biom" sera créé dans le même répertoire.
QIIME2
qiime tools export --input-path table.qza --output-path ./
Convertir en fichier texte
Étant donné que l'analyse normale (analyse utilisant une table avec le nom et le nombre OTU) ne peut pas être effectuée avec le fichier biom tel quel, convertissez biom en fichier tsv (fichier texte tel que .txt).
QIIME2
biom convert -i feature-table.biom -o feature-table.tsv --to-tsv
Vous avez maintenant un fichier texte qui ressemble à ceci:
La première colonne est le nom OTU (ID) et la deuxième ligne est le nom de l'échantillon. Je pense que la première ligne est un obstacle au traitement de la trame de données, donc je pense que vous pouvez le supprimer manuellement.
À l'avenir, nous continuerons à améliorer la méthode d'analyse en utilisant cela.