Affichez des images DICOM avec Python rudimentaire en tant que professionnel de la santé

Je suis radiologue médical et physicien médical. Je laisserai un mémorandum du processus d'apprentissage de la programmation dans l'article. J'espère que cela sera utile à quelqu'un à l'avenir.

Je souhaite afficher une image DICOM

Que voulez-vous faire avec Python dans le cadre médical? Python est largement utilisé dans le traitement d'images médicales et il existe de nombreux thèmes tels que la reconnaissance automatique des lésions à partir d'images dans le domaine de l'apprentissage automatique. Les images utilisées dans le domaine médical sont des données au format DICOM. On peut dire que la connaissance DICOM est indispensable pour la programmation dans le domaine médical, principalement le traitement d'images. Et la première barrière que je veux essayer pour le moment est ** "Afficher les images en Python" **.

Qu'est-ce que DICOM

D'abord, organisons DICOM (pour moi).

DICOM est une abréviation qui relie les acronymes ** «Digital Imaging and Communications in Medicine» **. Il s'agit d'une norme utilisée pour communiquer des informations sur les images médicales, etc., et est utilisée dans le monde entier. Dans les données à communiquer, non seulement les données d'image qui sont généralement imaginées, mais également de nombreux éléments tels que le nom du patient, l'ID du patient, la date d'examen, le nom du dispositif et les conditions d'imagerie sont définis comme des informations accessoires.

Il existe différents fabricants de machines et d'équipements de communication utilisés pour l'inspection, mais les données sont plus fluides en utilisant des règles communes qui ne dépendent pas de fabricants tels que DICOM, au lieu de traiter les données avec des règles d'origine. Vous pouvez le gérer.

Dans le passé (toujours dans certaines installations), des photographies sur film roentgen étaient utilisées pour le diagnostic, mais le passage des images médicales analogiques aux images médicales numériques a facilité la gestion de vastes quantités de données médicales. L'existence de DICOM contribue également à cela.

En passant, il existe des données DICOM spéciales dans le domaine de la radiothérapie qui ne relèvent pas du domaine du diagnostic. Ce ne sont pas des connaissances nécessaires dans le processus d'affichage des images, mais je suis moi-même engagé dans le service de radiothérapie, donc je vais aborder un peu. Les données DICOM (DICOM RT) pour la radiothérapie comprennent des données basées sur des images telles que DICOM d'autres modalités d'image et des données non basées sur des images telles que des informations de coordonnées et des informations de réglage de l'appareil. La dose RT représente les informations de dose, la structure RT représente les informations de contrôle et RT Plan représente les informations de fonctionnement du dispositif, qui sont liées en tant qu'informations pour établir le traitement.

[Référence] DICOM Reverse BOOK (Vous pouvez afficher les diapositives du séminaire → Matériel de la session d'étude DICOM)

En plus de cela, il y a beaucoup d'informations utiles sur DICOM dans Japan Imaging Medical System Industry Association [JIRA]: The World of DICOM. Il est publié, veuillez donc vous y référer.

L'affichage d'image est super facile avec Python!

Il fut un temps où j'étudiais le C # pendant un moment, Je ne pouvais même pas afficher une tranche de l'image CT. C'est donc un obstacle très élevé pour moi d'afficher même une image ... Je pensais que ce n'était pas quelque chose que je pouvais faire pour le moment.

Pourtant!! C'était facile avec Python! J'ai été surpris. Est-ce si simple? Grâce à la riche bibliothèque, vous pouvez afficher du code simple simplement en le connaissant. Merci à ceux qui ont fait la bibliothèque.

• Merci, je l'apprécie! * (Phrases apprises en cours de conversation en anglais aujourd'hui)

Cette fois, je vais utiliser une image DICOM qui peut être utilisée gratuitement, donc Peu importe si vous n'avez pas d'image DICOM sous la main. Je suis à nouveau redevable à DICOM World. Je suis juste reconnaissant.

• Utilisez une image CR du coffre appelée "CR_LEE_IR6a.dcm" *.

Environnement (Mac)

python 3.7.4 matplotlib 3.1.1 pydicom 1.2.2 Terminal (je n'utilise pas Jupyter Notebook) Atom (tout éditeur de texte est acceptable)

Code entier

show_dicom.py

from matplotlib import pyplot as plt
import pydicom

cr = pydicom.read_file("CR_LEE_IR6a.dcm")

plt.imshow(cr.pixel_array, cmap = "gray")
plt.show()

** * Enregistrez les données DICOM (.dcm) à utiliser dans le même répertoire que le code (.py). ** **

Image de sortie

c'est tout. N'est-ce pas super facile? J'ai pu afficher l'image en seulement 5 lignes. Vous pouvez le faire avec un code simple en tirant parti des excellents modules existants tels que matplotlib et pydicom.

Je vais omettre la syntaxe de Python. Essayez-le.

Enfin, je voudrais vous présenter un site très utile. ** Salle Euromedic de physique médicale ** Blog de la salle de physique médicale Il contient des informations détaillées qui seront très utiles lors de l'utilisation de Python dans le domaine de la radiothérapie. Il ne fait aucun doute que ce sera utile, alors si vous êtes intéressé, jetez-y un œil!