CIF2Cell download | SourceForge.net Écrit en python qui produit le fichier d'entrée (partie spécifiée de l'arrangement atomique) du premier code de calcul principal (abinit, elk, vasp, pwscf, etc.) à partir de cif (fichier d'informations cristallographiques) qui est un format de structure cristalline. App.
Essayez d'installer autant que vous le pouvez avec les privilèges généraux des utilisateurs.
À titre d'exemple, supposons que vous récupériez cif2cell-1.2.10.tar.gz.
Avec $ tar -zxvf cif2cell-1.2.10.tar.gz, déplacez le cif2cell-1.2.10 développé vers / home / user / sources. Accédez à ce répertoire.
En fait, pour installer cif2cell, vous avez besoin d'une application appelée PyCiRW, qui est incluse dans le code cif2cell. Allez dans PyCifRW-3.3 qui peut être développé avec $ tar -zxvf PyCifRW-3.3.tar.gz.
Fondamentalement, c'est le type qui est installé par ce que l'on appelle python setup.py install. Cependant, cette procédure nécessite une certaine ingéniosité car elle tente de générer un fichier dans / usr / lib64 / python2.7 / site-packages, qui ne peut pas être ajouté sans les privilèges d'administrateur.
Exécutez python,
import sys
print(sys.path)
Alors, vérifions le chemin qui peut être référencé maintenant. S'il y a une partie qui peut être éditée par des utilisateurs généraux, comme home / user / .local / lib / python2.7 / site-packages, vous pouvez la mettre là. Cependant, je voudrais garder séparément ceux que j'ai installés avec une extrême innocence afin que je puisse le reconnaître, donc je ferai un endroit clair pour le mettre.
La destination d'installation est / home / user / opt / PyCifRW-3.3.
Plus tard, lorsque j'essaye d'installer en spécifiant ce répertoire comme préfixe de l'installation, je me fâche que le chemin correct ne soit pas défini. Cela est dû au fait que le chemin qui est attaché au répertoire qui sera entré n'est pas inclus dans le chemin examiné ci-dessus. J'ai donc décidé d'ajouter le chemin de manière appropriée.
Il existe plusieurs façons de définir ce chemin, mais ici nous allons le résoudre en définissant la variable d'environnement PYTHONPATH.
export PYTHONPATH=/home/user/opt/PyCifRW-3.3/lib64/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
Ensuite, la variable d'environnement PYTHONPATH est définie de manière appropriée. Ce répertoire n'existe pas avant l'installation, mais si vous ne regardez pas plus loin et complétez lib64 / python2.7 / site-packages sous la destination à installer à partir de maintenant, il sera moss lors de l'installation suivante.
python setup.py install --prefix=/home/user/opt/PyCifRW-3.3
Tout allait bien et l'installation était terminée. Dans ʻINSTALL` dans le répertoire contenant la source,
import CifFile
S'il peut être importé avec, cela signifie que l'installation a réussi.
Probablement, cela semble être une procédure qui peut toujours être utilisée lors de l'installation de `python setup.py 'avec les privilèges généraux de l'utilisateur.
À ce stade, il fait beau et vous pouvez installer cif2cell. Déplacer vers le répertoire où se trouve la source cif2cell
python setup.py install --prefix=/home/user/opt/cif2cell-1.2.10
L'installation est terminée avec.
Naturellement, mettez le chemin dans cif2cell,
export PYTHONPATH=/home/user/opt/cif2cell-1.2.10/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
Est nécessaire. Sans cela, ce sera de la mousse à «from utils import *» de «cif2cell». Le PYTHONPATH spécifié lors de l'installation de PyCifRW doit continuer à être spécifié lors de l'exécution de cif2cell.
Comment utiliser les commandes de base de cif2cell
cif2cell *.cif -p abinit
Donc, si vous voulez créer un fichier d'entrée avec elk ou vasp, changez la partie de ʻabinit en ʻelk ou vasp.
Si vous souhaitez nommer le fichier de sortie
cif2cell *.cif -p abinit -o hoge.in
Spécifiez le nom de fichier souhaité après -o comme dans.
Il y a un exemple de cif dans cifs ou / home / user / opt / cif2cell-1.2.10 / lib / sample_cifs dans le répertoire contenant le code source, vous pouvez donc l'exécuter immédiatement.
En spécifiant l'option, vous pouvez l'utiliser de manière élaborée. Par exemple
cif2cell *.cif -p abinit --no-reduce
Et affichez le fichier d'entrée dans une cellule non primitive (probablement une grille de Bravais).
D'autres options peuvent être trouvées avec $ cif2cell -h, et il y a un manuel officiel pdf à / home / user / opt / cif2cell-1.2.10 / lib / docs. Il semble que vous puissiez créer une super cellule d'une taille appropriée à partir d'une cellule primitive (je ne l'ai jamais utilisée).
Avec XCrySDen, la structure cristalline peut être facilement visualisée, et le chemin de l'espace k dans la région de Brillouin correspondante peut être facilement généré. XCrySDen peut lire les fichiers d'entrée au format pyscf, il est donc pratique de sortir avec pwscf à cette fin également.
Vous pouvez également le trouver sur Google avec "(nom de la substance ou formule chimique) caf". Je ne connais pas la source du cif, donc je le cherche toujours dans la [Base de données de matériaux inorganiques (AtomWork)] de NIMS (https://crystdb.nims.go.jp/). Puisqu'il est fondamentalement basé sur les valeurs rapportées dans la littérature, il est bon d'en connaître la source. Pour les cristaux avec la structure à calculer pour la première fois, placez le caf dans VESTA et regardez autour de vous, ou lisez les données cristallines directement à partir du papier et générez le caf via VESTA pour vérifier la cohérence. Vous voudrez peut-être le vérifier dans Materials Project (je ne l'ai jamais utilisé).
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