Dies ist ein Memo, wenn das virtuelle Gehirn unter Ubuntu 18.04 installiert ist.

Motivation

Es gibt einen Simulator namens The Virtual Brain, der eine gemeinsame Grundlage für mathematische Modelle der Gehirnaktivität auf mesoskopischer Ebene wie Gehirnwellen schaffen soll. Es ist möglich, ein mathematisches Modell des Gehirns zu erstellen, das anatomische und klinische Daten in der Struktur widerspiegelt, und virtuelle Gehirnwellen und fMRI-Daten zu generieren. Kurz gesagt, ein Simulator eines gekoppelten nichtlinearen Oszillatorsystems mit einer Kopplungsmatrix, die die tatsächliche Struktur des Gehirns widerspiegelt. Es gibt ein auf Regionen basierendes Modell und ein auf Oberflächen basierendes Modell, und ein auf Regionen basierendes Modell funktioniert auf PC-Ebene. Daher möchte ich es installieren und ausprobieren.

Umgebung

Ubuntu 18.04 (desktop)

Ich bin mit Docker nicht vertraut, daher verwende ich dieses Mal eine virtuelle Maschine.

Ich möchte es als Server von einem anderen Computer verwenden.
Es hängt davon ab, ob es sich um ein Webinterface handelt oder ob es mit einem Skript ausgeführt wird, aber vorerst werde ich versuchen, es über das Web zu verwenden.

official web site https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei

Empfohlene Umgebung

https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-requirements Auszug

1 1 Für die Simulation wird ein CPU-Kern benötigt.
8 GB oder mehr Speicher reichen für eine Simulation auf Regionsebene aus. Mindestens 16 GB oder mehr für komplexere Simulationen.
Die Simulation auf Oberflächenebene erfordert mehr Speicher
Für die 10-ms-Simulation auf Oberflächenebene sind 300 MB Festplattenspeicher erforderlich. Eine Richtlinie ist 50 GB pro Benutzer.
Bei Verwendung eines PCs ist eine WebGL-kompatible Grafikkarte erforderlich.

herunterladen

https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-software Laden Sie die neueste Version 1.5.8 ab November 2019 herunter. Laden Sie rechts die Linux-Version 1.2GB herunter.

Installieren und starten

$ unzip TVB_Linux_1.5.8.zip

$ cd TVB_Distribution/

Um die von einem Webbrowser aus bediente GUI-Oberfläche der Webanwendung zu verwenden, führen Sie das Skript `tvb_start.sh``` im` bin``` des entpackten Verzeichnisses aus.

$ cd TVB_Distribution/bin
$ ./tvb_start.sh

Wann zu beenden

$ ./tvb_stop.sh

configuring

Wenn Sie beim ersten Start eine Weile warten, wird der Browser geöffnet und der Bildschirm für die Grundeinstellung wird angezeigt. Registrieren Sie daher den Benutzernamen, das Kennwort, die E-Mail-Adresse des Administrators usw. Wenn Matlab oder Oktave verwendet werden können, geben Sie den Pfad an. Andere sind vorerst die Standardeinstellungen.

Anmeldebildschirm

Der Anmeldebildschirm wird angezeigt. Es scheint, dass der Zugriff über den Browser anderer Computer möglich ist. Das ist alles für jetzt.

Demo-Daten

Einige der Demo-Daten sind im Installationspaket enthalten, aber es scheint mehr Daten auf Github zu geben. https://github.com/the-virtual-brain/tvb-data

TODO

Ist es bequem, einen dedizierten Benutzer zu erstellen und von dort aus zu wechseln, um ihn in einer Mehrbenutzereinstellung zu verwenden?

[PYTHON] Installieren Sie das virtuelle Gehirn