Python-Funktionen mit Chemoinfomatik gelernt

Einführung

In Anlehnung an Iterative Verarbeitung von Python durch Chemoinfomatik werde ich "Funktionen" mit dem Thema Lipidomik (umfassende Analyse von Lipiden) erläutern. Wir werden hauptsächlich praktische Beispiele für Chemoinfomatik erläutern. Wenn Sie also die Grundlagen überprüfen möchten, lesen Sie bitte den folgenden Artikel, bevor Sie diesen Artikel lesen.

Forscher von Pharmaunternehmen haben Funktionen in Python zusammengefasst

Funktionen erstellen und verwenden

Eine Funktion besteht aus einer Reihe von Prozessen und kann durch Schreiben von def Funktionsname (formales Argument): erstellt werden. Übrigens ist "def" eine Abkürzung für "define". Nachdem Sie eine Funktion erstellt haben, müssen Sie nur noch den Funktionsnamen aufrufen, um die in der Funktion beschriebene Verarbeitung auszuführen. Der Rückgabewert (Rückgabewert) kann mit "return" geschrieben werden.

def show_smiles_pa():
    return 'OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O'


show_smiles_pa() # OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O

Im obigen Beispiel ist es eine Funktion, die Palmitinsäure zurückgibt, die in der SMILES-Notation beschrieben ist. Rufen Sie nach dem Definieren der Funktion den Funktionsnamen "show_smiles_pa" auf, um den Rückgabewert zu erhalten.

Im obigen Beispiel gibt es beim Erstellen einer Funktion kein formales Argument, es ist jedoch möglich, eine Funktion mit einem formalen Argument zu erstellen. Ein Beispiel ist unten gezeigt.

def oxidize_fatty_acid(smiles):
    
    if smiles.count('=') <= 1:
        return 'This fatty acid is not oxidized. '
    else:
        return smiles.replace('/C=C\\', 'C(O)C')


smiles_pa = 'OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O'
oxidize_fatty_acid(smiles_pa) # This fatty acid is not oxidized. 

smiles_la = 'OC(CCCCCCC/C=C\C/C=C\CCCCC)=O'
oxidize_fatty_acid(smiles_la) # OC(CCCCCCCC(O)CCC(O)CCCCCC)=O

Im obigen Beispiel wird SMILES (Zeichenkette) als formales Argument empfangen, und wenn es sich um eine gesättigte Fettsäure handelt, wird diese Fettsäure nicht oxidiert. Wird zurückgegeben, und wenn es sich um eine ungesättigte Fettsäure handelt, handelt es sich um eine doppelte Kohlenstoffkette. Der Rückgabewert ist SMILES, eine Verbindung, deren Bindung oxidiert wird.

Es ist auch möglich, mehrere formale Argumente festzulegen. Ein Beispiel ist unten gezeigt.

def calculate_exact_mass(Cn, Un):
    return 12 * Cn + 1.00783 * (2 * Cn - 2 * Un) + 15.99491 * 2


calculate_exact_mass(16, 0)

calculate_exact_mass(18, 2)

Sie können auch ein Schlüsselwortargument mit "Schlüsselwortname = Wert" verwenden. Ein Beispiel ist unten gezeigt.

def abbreviate_fatty_acid(Cn, Un, sep=':'):
    return str(Cn) + sep + str(Un)


abbreviate_fatty_acid(16, 0) # 16:0

abbreviate_fatty_acid(16, 0, sep='_') # 16_0

Wenn im obigen Beispiel das Schlüsselwortargument "sep" beim Aufrufen der Funktion nicht angegeben wird, wird der Standardwert ":" beim Definieren der Funktion verwendet, und wenn beim Aufrufen der Funktion "sep" angegeben wird, wird dieser Wert verwendet. Es wird aktualisiert.

Variabler Umfang

Wenn Sie eine Funktion verwenden, müssen Sie auf den "Umfang der Variablen" achten. Der Bereich einer Variablen ist der Bereich, in dem die Variable verwendet werden kann. In einigen Fällen kann sie nur innerhalb der Funktion (private Variable) und in anderen Fällen außerhalb der Funktion (globale Variable) verwendet werden.

def abbreviate_fatty_acid(a, b):
    Cn = a
    Un = b
    return Cn, Un


Cn = 16
Un = 0

abbreviate_fatty_acid(18, 2) # Cn = 18, Un = 2

print(Cn, Un) # Cn = 16, Un = 0

Im obigen Beispiel sind die Variablen "Cn" und "Un", die in der Funktion "abbreviate_fatty_acid" erscheinen, beide private Variablen, die sich von den außerhalb der Funktion definierten "Cn" und "Un" unterscheiden. Der Aufruf einer Funktion aktualisiert also nicht die Werte der Variablen "Cn" und "Un".

Wenn Sie nun die Werte der Variablen "Cn" und "Un" durch Aufrufen der Funktion aktualisieren möchten, verwenden Sie "global" und "global", um "Cn" und "Un" in den globalen Variablen der Funktion anstelle von privaten Variablen zu erstellen. Sie müssen zeigen, dass es gibt.

def abbreviate_fatty_acid(a, b):
    global Cn
    global Un
    Cn = a
    Un = b
    return Cn, Un


Cn = 16
Un = 0

abbreviate_fatty_acid(18, 2) # Cn = 18, Un = 2

print(Cn, Un) # Cn = 18, Un = 2

Im obigen Beispiel werden "Cn" und "Un" als globale Variablen behandelt, sodass die Werte von "Cn" und "Un" auch beim Aufruf der Funktion aktualisiert werden.

Zusammenfassung

Hier haben wir Python-Funktionen erklärt, wobei wir uns auf praktisches Wissen konzentrieren, das in der Chemoinfomatik verwendet werden kann. Lassen Sie uns die wichtigsten Punkte noch einmal überprüfen.

• Eine Funktion ist eine Reihe von Prozessen, die zusammen beschrieben werden. Nach der Erstellung kann der Prozess einfach durch Aufrufen ausgeführt werden.
• Wenn Sie mit Variablen innerhalb einer Funktion arbeiten, müssen Sie den Umfang der Variablen berücksichtigen.

Im folgenden Artikel werden Python-Klassen erläutert.

Python-Klasse mit Chemoinfomatik gelernt

Referenzmaterialien / Links

Was ist die Programmiersprache Python? Kann es für KI und maschinelles Lernen verwendet werden?