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Als ich versuchte, Seurat unter Linux auszuführen, fiel es mir schwer, es zu installieren OS : Linux mint 19.3 Tricia

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Wie Sie sehen können, versuche ich `install.packages (" Seurat ")`, aber ich kann die Abhängigkeitspakete nicht installieren. Nach ein wenig Recherche scheint die Version von R, die mit "sudo apt install r-base" installiert werden kann, so alt wie 3.4 zu sein, und einige Pakete werden nicht unterstützt. Sie müssen das Repository und den öffentlichen Schlüssel hinzufügen, um die neue Version zu erhalten.

#D einmal deinstallieren
$ sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
$ sudo apt autoremove
$ sudo apt update

#Fügen Sie einen öffentlichen Schlüssel und ein Repository hinzu
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
$ sudo add-apt-repository https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

Wenn dies hinzugefügt wird, wird das hinzugefügte https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35 / aus irgendeinem Grund zu https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu main. Da es gelöscht wurde, ändern Sie es von [Systemeinstellungen] → [Softwarequelle] in die richtige. * *

Und installieren Sie R erneut

$ sudo apt update
$ sudo apt install r-base

Sie haben jetzt R 3.6 installiert.

Wenn ich es jetzt erneut versuche `install.packages (" Seurat ")`, bleibt es wieder hängen. Es scheint keine Option für den Befehl `ld``` zu geben. Fügen Sie dies vom Terminal ein. `Openssl``` war nicht enthalten, also geben Sie es zusammen ein.

$ sudo apt install liblapack-dev　liblapack3　libopenblas-base　libopenblas-dev gfortran libssl-dev

Auch das bleibt stecken. Geben Sie im BioManager `` `multtest``` ein.

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("multtest")

Jetzt können Sie Seurat mit `install.packages (" Seurat ")` installieren.

Seurat unter Linux (Installation)

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