[PYTHON] Das Problem, dass das Bild beim Laden mit PandasTools.LoadSDF nicht in ROMol angezeigt wurde, wurde behoben.

--jupyter-Ich benutze ein Notizbuch

• Ich habe es geschafft, das Bild, das nicht in ROMol angezeigt wird, beim Laden von SDF-Daten, die mehrere Verbindungen enthalten, mit RDKit mit PandasTools.LoadSDF zu entfernen. ――Meine Umgebung ist wie folgt
  • MacOSX 10.15.2 Catalina
• Die RDKit-Umgebung wurde mit Anaconda unter Bezugnahme auf Folgendes erstellt.
• Installation - RDKit_unofficial_translation_JP 1.00 Document
• Mit Python 3.7.5 von anaconda 3-5.3.1
  • rdkit version: 2019.09.2
  • pandas version: 0.25.3

Ich habe RDKit mit Bezug auf die folgende Site geübt

Einführung in die ChemoInformatik mit RDKit | Neue Form der Chemie

Wenn ich die SDF-Datei im DataFrame-Format von Pandas unter Lesen mehrerer Moleküle lese und dann anzeige, wird das Bild bei ROMol angezeigt. Stattdessen war es eine Spalte wie "<img data-content =" rdkit / molekül "src =" data: i ... ") (Bild unten)

Laut dem folgenden Problem scheint es, dass es mit Versionen über Pandas 0.25.0 passiert

Mol rendering within DataFrames in a Jupyter Notebook is broken with Pandas 0.25.1 · Issue #2673 · rdkit/rdkit

Sicher, in meinem Fall war die Version von Pandas 0,25,3

import pandas as pd
print('pandas version: ', pd.__version__)
#=> pandas version:  0.25.3

Die Lösung bestand darin, die Pandas-Version auf 0.25.0 zurückzusetzen. Es war nervig und ich suchte nach einem anderen Weg

Es gibt einige Teile, die bequemer als Bilder angezeigt werden können. Wenn Sie also dem Problem folgen oder danach suchen Ich sollte eine HTML-Bibliothek verwenden

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2673#issuecomment-570898398

Molecules not rendered in Pandas DF in Jupyter Lab · Issue #2825 · rdkit/rdkit

Ich habe es wie folgt versucht (vorausgesetzt, die SDF-Datei wurde heruntergeladen und die Bibliothek importiert)

df = PandasTools.LoadSDF('./sdf/somesdffile.sdf')

from IPython.display import HTML
HTML(df.to_html())

Erfolg, wenn das Bild richtig herauskommt

Wenn es vorerst einfacher ist zu verstehen, ob ein Bild vorhanden ist, wird es in diesem Fall ordnungsgemäß angezeigt