[PYTHON] Konvertieren Sie MetaImageIO (* .mha, * .mhd) in tiff stack

Verwenden Sie Simple ITK mit Python

Der Kernteil ist wie folgt. Wenn Sie in der Ausgabe tiff angeben, wird es automatisch zu einer Stapeldatei.

import SimpleITK as sitk

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetImageIO("MetaImageIO")
reader.SetFileName(inputImageFileName)
image = reader.Execute();

writer = sitk.ImageFileWriter()
writer.SetImageIO("TIFFImageIO")
writer.SetFileName(outputImageFileName)
writer.Execute(image)

Sie können andere Dateien lesen und schreiben, indem Sie "SetImageIO" ändern.

Um die Verwendung im Terminal zu vereinfachen, gehe ich wie folgt vor:

mhd2tif

#!/usr/bin/env python3
import os,sys
import SimpleITK as sitk

if len(sys.argv)!=3 :
    print("usage: mhd2tif infile.mhd out.tif")
    exit()

inputImageFileName = sys.argv[1]
outputImageFileName = sys.argv[2]

if os.path.isfile(inputImageFileName)==False :
    print(inputImageFileName + ": not found.")
    exit()

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetImageIO("MetaImageIO")
reader.SetFileName(inputImageFileName)
image = reader.Execute();

writer = sitk.ImageFileWriter()
writer.SetImageIO("TIFFImageIO")
writer.SetFileName(outputImageFileName)
writer.Execute(image)

Referenz

https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/IO.html