[LINUX] Erhalten Sie mit QIIME2 OTU-Zähldaten (Mikroorganismen) als Textdatei
Analyse mit der mikrobiellen Analysepipeline "QIIME2" in Official Tutorial, Daten zur Gate- und Gattungsstufe aus der Fastq-Datei Kann erhalten werden, aber es gibt keine Beschreibung, wie OTU-Zähldaten erhalten werden.
In den letzten Jahren wurde jedoch eine Analyse auf OTU-Ebene aktiv durchgeführt, und ich denke, dass dies notwendig ist, deshalb habe ich sie untersucht.
[Verwendete Software (OS)] VirtualBox QIIME2 2019.10 (für VirtualBox) Weitere Informationen → QIIME2 installieren
(Da Docker beliebt ist, besteht die Möglichkeit, in Zukunft von VirtalBox zu Docker zu wechseln ...)
Beispieldaten abrufen
Voraussetzung ist, dass table.qza gemäß den offiziellen Tutorials (https://docs.qiime2.org/2020.6/tutorials/moving-pictures/) vorhanden ist.
Bitte beziehen Sie die Beispieldaten über den unten stehenden Link. download table.qza
OTU-Daten exportieren
Ausgabe in eine Datei im .biom-Format. Eine Datei mit dem Namen "feature-table.biom" wird im selben Verzeichnis erstellt.
QIIME2
qiime tools export --input-path table.qza --output-path ./
In Textdatei konvertieren
Da eine normale Analyse (Analyse unter Verwendung einer Tabelle mit OTU-Namen und Anzahl) nicht mit der Biom-Datei durchgeführt werden kann, konvertieren Sie die Biom in eine tsv-Datei (Textdatei wie z. B. .txt).
QIIME2
biom convert -i feature-table.biom -o feature-table.tsv --to-tsv
Sie haben jetzt eine Textdatei, die folgendermaßen aussieht:
Die erste Spalte ist der OTU-Name (ID) und die zweite Zeile ist der Beispielname. Ich denke, die erste Zeile ist ein Hindernis für die Verarbeitung des Datenrahmens, daher denke ich, dass es in Ordnung ist, ihn manuell zu löschen.
In Zukunft werden wir die Analysemethode damit weiter verbessern.
Recommended Posts